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为获得含有特定基因型的个体，深入研究辣椒抗马铃薯Y病毒（PVY）不同QTLs之间的关系，利用AFLP、SCAR和CAPS标记在辣椒材料‘Perennial’和‘Yolo Wonder’组成的BC2和BC1S1分离世代对抗PVY的3个QTLs位点进行了选择。结果从BC2群体中选出47个在主效QTL上含有抗性位点的单株，从中选出25个在LG9PY2染色体上含有抗性位点的单株，最后选出11个在LG11 P10染色体上含有抗性位点的单株；从BC1S1群体中选出55个在LG9 PY2染色体上具有纯合抗性位点的单株，