【摘 要】
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目的 调查T细胞免疫球蛋白粘蛋白.3基因(T cells immunoglobulin mucin-3 gene,TIM-3)-1516、-574、4259单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)的发生频率及是否存在连锁不平衡(linkage disequilibrium, LD)关系.方法 采用等位基因特异性聚合酶链反应(allele-specif
【机 构】
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华中科技大学同济医学院附属协和医院检验科,武汉,430022;华中科技大学同济医学院附属协和医院呼吸内科,武汉,430022;
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目的 调查T细胞免疫球蛋白粘蛋白.3基因(T cells immunoglobulin mucin-3 gene,TIM-3)-1516、-574、4259单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)的发生频率及是否存在连锁不平衡(linkage disequilibrium, LD)关系.方法 采用等位基因特异性聚合酶链反应(allele-specific polymerase chain reaction, AS-PCR)方法对湖北地区147名健康个体TIM-3基因-1516G/T、-574T/G、4259G/T 3个SNP位点进行基因分型,应用软件Arlequin V3.1对3个SNP位点进行LD及Hardy-Weinberg平衡分析,并计算单倍型频率及单倍型组成.结果 3个TIM-3基因SNP位点等位基因频率分布符合Hardy-Weinberg平衡.湖北地区147名正常个体T/M-3基因-1516G/T、-574T/G、4259G/T 3个SNPs的次要等位基因发生频率分别是8.5%、1.0%、2.0%.TLM-3基因3个SNP主要组成4种单倍型:G-G-G、G-G-T、T-G-T、G-T-T;其频率分别为2.0%、88.4%、8.5%、1.0%.通过对这3个SNP位点两两间进行LD分析,发现所有的连锁不平衡系数D(coefficient of linkage disequilibrium, D)值都为1.结论 湖北地区人群T/M-3基因-1516G/T、-574T/G、259G/T 3个SNP位点呈完全连锁不平衡.本研究结果提供了中国湖北地区汉族人群TIM-3基因这3个SNP的群体遗传学资料,并且为寻找与免疫介导性疾病相关单倍型奠定了基础.
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