分析不同侵袭性c-kit突变型胃肠间质瘤(GISTs)组织的蛋白质差异表达谱，筛查影响GISTs侵袭和转移相关的新分子标志物。
方法应用二维聚丙烯酰胺凝胶电泳(2D-PAGE)分析已确认c-kit突变型的高、低危型GISTs组织各5例的差异表达蛋白，并运用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)技术对差异表达的蛋白质标记点进行鉴定。
结果41个表达差异至少2倍的蛋白质斑点；应用MALDI-TOF-MS技术对差异蛋白质点进行质谱分析，成功鉴定27种不同分子特性的蛋白质。其中，在高危型GISTs组织中表达上调的14种蛋白质包括泛醌细胞色素c还原酶核心蛋白I(UQCRC1)、含TCP1伴侣蛋白亚基-2(CCT-2)、丙酮酸脱氢酶β(PDHB)、过氧化物酶3(PRDX3)、抑制素、蛋白酶体激活剂28β(Pa28β)、细胞色素c氧化酶亚基5A(COX5A)、线粒体基质酪蛋白酶水解亚基(CLPP)、线粒体的Tu翻译延伸因子(TuFM)、谷胱甘肽S转移酶ω1(GSTO1)、下视丘分泌素(食欲素)受体1(HCRTR1)、转移抑制蛋白NM23-H1及未知蛋白，下调的13种蛋白质包括载脂蛋白A1(APOA1)、结合珠蛋白、血红素结合蛋白1(HEBP1)、染色体1开放阅读框123(C1orf123)、热休克蛋白β6(HSPB6)、SH3域结合富含谷氨酸蛋白(SH3BGRL)、谷胱甘肽-S-转移酶Mu2(GSTM2)、原肌球蛋白α-1链(TPM1)、蛋白二硫化物异构酶A3(PDIA3)、二甲基精氨酸二甲胺水解酶1(DDAH1)、肽重复序列结构域1(TTC1)、不均一核糖核蛋白C(HNRNPC)及DJ-1蛋白等。
结论比较蛋白质组学能较好地提示基于危险度分层差异的GISTs组织间的蛋白质表达差异，筛选出27种差异蛋白有助于GISTs预后判断和转移预警。