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用遗传密码词典中６１个密码作为链的状态，提出了一个氨基酸替代的马氏链模型。将２０种氨基酸间首次通过时间作为突变距离与Ｇｒａｎｔｈａｍ（１９７４）的氨基酸间理化距离以及Ｄａｙｈｏｆｆ（１９７８）的相对替代概率做相关分析。结果表明，替代概率与理化距离的相关大大高于与突变距离间的相关，说明蛋白质进化过程中，是自然选择而非突变起着决定性作用。