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2000～2004年间,密云水库氨氮指标有明显上升的趋势;硝酸盐氮、总氮也大体上呈上升趋势,其余各主要水质指标溶解氧、高锰酸盐指数、生化需氧量和总磷等均无明显变化.密云水库底栖动物共有摇蚊幼虫、环节动物、软体动物3 大类,其中摇蚊幼虫和环节动物中的寡毛类为优势类群.密云水库的浮游藻类群落主要由硅、绿、金、蓝藻等组成.