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尽管信息化好处明显，但成功实施信息化的医院并不多。制药医院进行信息化发展的瓶颈基本上表现在两个方面：资金缺乏和对信息化认识不够，其中的主要原因是资金的短缺。举例说，要建设一套规范的医院管理系统，保守估计所需要的资金投入约为200万元人民币，而建设一套医疗信息系统的耗资至少是2000万元，这使得资金问题成为我国医院信息化建设的突出问题。