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以中粒种咖啡部分种质为试材，采用U25（5^5）均匀设计表，对影响ISSR和RAPD标记的模板DNA、Mg2＋、dNTPs、TaqDNA聚合酶和引物浓度5个因素进行优化．分别建立适合于中粒种咖啡ISSR—PCR和RAPD-PCR标记的反应体系。结果表明：2种标记的反应体系相似，20μL的反应体系中含DNA模板20ng，Mg2＋ 1．5mmol／L，dNTPs0．3mmol／L，Taq酶1．25U，引物0．6μmol／L。利用所确立的体系对13份中粒种咖啡种质进行扩增，结果条带清晰明亮，多态性好。