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保种就是要保存一切与特定生态条件相联系的基因及基因组合体系。现有地方家畜品种的保种方法都是以群体遗传学理论为基础，尽量控制群体近交增量为原则，通过增大群体有效含量，确定合适的公母畜比例和留种方式，避免近亲交配及延长世代间隔来实现的。根据群体遗传学理论虽然可以指导地方畜禽品种的保种，对基因是否丢失及丢失的可能性作出估计，但无法知道其真实情况，