基于美洲和中国大鲵转录组序列的线粒体基因组组装及其遗传多样性分析

• 作 者: 陈军 苏胜彦 张希昭 纪垠竹 王辉微 朱丽雅 张晏江 薛浩鑫
• 机 构: 中国水产科学研究院淡水渔业研究中心/农业部淡水渔业与种质资源利用重点实验室,江苏农林职业技术学院,南京农业大学无锡渔业学院
• 出 处: 扬州大学学报：农业与生命科学版
• 发表日期: 2017年4期
• 关键词: 美洲大鲵 线粒体基因组 转录组测序 系统进化树 Cryptobranchus alleganiensis mitochondrial genorne RNA-
• 基金项目: 江苏省水产三新工程项目（Y2013-51）, 江苏高校“青蓝工程”项目（苏教师[2016]15号）, 镇江市科技重点研发计划项目（NY2016004）

为利用高通量测序数据开展线粒体基因组研究,基于高通量第2代测序技术获得了美洲大鲵（Cryptobranchus alleganiensis）转录组数据,以近缘物种的线粒体全基因组为参考序列,利用MITObim软件对其组装,并进行环化、注释和分析,采用邻接法（NJ法）构建美洲大鲵线粒体基因组序列的系统进化树。结果表明：美洲大鲵线粒体全基因组序列长度为16 358 bp,包含13个蛋白编码基因（PCG）、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个控制区。同时利用该项技术对中国大鲵（Andrias davidi