【摘 要】
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目的:利用生物信息学方法筛选肾结石形成关键基因并探讨其潜在分子机制.方法:从GEO下载GSE73680肾结石数据集,共纳入6例正常人,56例肾结石患者肾乳头组织.应用R语言筛选差异
【机 构】
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武汉大学人民医院泌尿外科 湖北 武汉 430060
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目的:利用生物信息学方法筛选肾结石形成关键基因并探讨其潜在分子机制.方法:从GEO下载GSE73680肾结石数据集,共纳入6例正常人,56例肾结石患者肾乳头组织.应用R语言筛选差异表达基因.利用DAVID数据库对差异基因进行GO功能注释及KEGG信号通路富集分析.利用STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白质互作网络并筛选关键基因.结果:共筛选出1448个差异表达基因,包括1 288个上调基因和160个下调基因.GO功能富集分析显示,差异基因涉及钙离子稳态、钙离子结合及细菌防御反应.KEGG信号通路富集分析显示,差异基因涉及黏着斑及cAMP等信号通路.蛋白质互作网络Cytoscape拓扑学分析筛选出INS、GNG13、EGF、AHSG、NPSR1和DLG4共6个关键基因.结论:筛选所得关键通路及关键基因可能在肾结石形成过程中扮演重要角色,有望成为潜在防治靶点,但具体作用及机制仍需进一步研究.
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