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选取2010年3月-2012年3月我院收治的功能性消化不良患者86例，按随机数字法分成观察组和对照组，观察组患者使用小剂量奥美拉唑治疗，对照组患者使用埃索美拉唑与多潘立酮联合治疗，对比分析两组患者的临床症状改善情况及药物不良反应等。结果经治疗，两组总有效率无显著性差异（P〉0.05）。但观察组患者的不良反应率明显要低于对照组，P〈0.05，差异显著。对功能性消化不良患者使用小剂量奥美拉唑治疗，能够有效缓解临床症状，减少不良反应，具有更为理想的临床疗效。