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奶牛疾病可能由自身感染引起或由环境感染发展而来。细菌、真菌、病毒或原虫都可以引起感染。由细菌类引起的奶牛大肠杆菌乳房炎很容易致奶牛于死地。癣是由真菌引起的。由于抗生素的滥用．真菌会感染乳房或引起犊牛腹泻。原虫感染的例子有隐孢子虫病、无形体病、新孢子虫病和滴虫病。病毒感染包括牛传染性鼻气管炎、口蹄疫和牛病毒性腹泻等。