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以拟南芥25SrDNA、5SrDNA以及端粒序列为探针对菠菜的中期染色体进行了多色荧光原位杂交分析，其中25SrDNA用生物素标记，端粒序列用地高辛标记，5SrDNA用生物素和地高辛共同标记。杂交结果显示，菠菜中期染色体25SrDNA杂交位点为6个，分别位于3号、5号和6号染色体的随体部位；5SrDNA杂交位点为4个，分别位于3号和5号染色体长臂，端粒序列杂交位点位于6号染色体端部以及其余染色体的端部和着丝粒部位。