【摘 要】
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目的 miRNAs可以诱导心肌细胞增殖,提示miR-885-5p可能参与心脏重编程过程,本研究采用生物信息学软件预测hsa-miR-885-5p靶基因及其靶基因功能.方法 采用miRbase在线数据库和
【机 构】
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沈阳医学院公共卫生学院职业卫生教研室,辽宁沈阳110034;沈阳医学院公共卫生实验中心,辽宁沈阳110034;沈阳医学院公共卫生学院毒理学教研室,辽宁沈阳110034
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目的 miRNAs可以诱导心肌细胞增殖,提示miR-885-5p可能参与心脏重编程过程,本研究采用生物信息学软件预测hsa-miR-885-5p靶基因及其靶基因功能.方法 采用miRbase在线数据库和miRGator v3.0在线数据库分析hsa-miR-885-5p在各物种间保守性、进化和各个组织器官中表达情况.应用TargetScan和miRDB在线数据库预测hsa-miR-885-5p靶基因;最后,用DAVID在线数据对目标靶基因进行功能富集分析和信号转导通路富集分析.结果 hsa-miR-885-5p在多个物种之间具有高度保守性.在miR-885-5p家族中,人类hsa-miR-885-5p和大猩猩ppy-miR-885-5p属于同一分支;九带犰狳dno-miR-885-5p和穴兔ocu-miR-885-5p属于同一分支.hsa-miR-885-5p在肝胆系统和乳腺中表达较高.功能富集分析发现,hsa-miR-885-5p靶基因集合涉及Wnt信号通路、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调节和组蛋白去磷酸化等28个生物过程,P＜0.05;富集在信使核糖核蛋白复合物、细胞质和mRNA切割因子复合物等10个细胞成份,P＜0.05,并且参与蛋白质结合、组蛋白去乙酰化酶结合和RNA聚合酶Ⅱ核心启动子近端区序列特异性DNA结合等31个分子功能,P＜0.05.DAVID数据库分析发现,hsa-miR-885-5p靶基因集合参与Hippo信号通路、癌症通路、背腹轴形成通路、基底细胞癌、破骨细胞分化通路、Wnt信号通路和HTLV-I感染通路,P＜0.05;其中预测靶基因在Hippo信号通路与Wnt信号通路显著富集,P＜0.05.结论 hsa-miR-885-5p显著富集于肝脏并且作用于癌症通路,表明hsa-miR-885-5p在肝脏疾病,如肝癌和肝炎中起重要作用.
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