BAP1、n FOXO3和n ITPR2基因表达变化与葡萄膜黑色素瘤转移和预后关联分析n

来源 :中华实验眼科杂志 | 被引量 : 0次 | 上传用户:dongwinder
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目的:鉴定分子遗传学水平上与葡萄膜黑色素瘤(UM)转移和预后相关的潜在标志物。方法:收集肿瘤基因组图谱数据库中2007—2019年80例UM样本的信息,根据是否发生转移分为转移组18例和非转移组62例。采用R软件中的maftools函数包分析UM样本中的基因突变种类、变异类型、单核苷酸变异(SNV)类型和基因突变比例,计算肿瘤突变负荷;采用R软件中的edgeR软件包分析转移组和非转移组间的差异表达基因(DEGs);采用KOBAS工具对DEGs的京都基因与基因组百科全书通路进行富集,筛选出预后相关基因。采用survival函数包建立Cox回归模型验证基因突变情况和DEGs的预后评价。结果:UM基因突变中以错义突变为主,主要变异类型为SNV,UM基因突变负荷低。与非转移组相比,转移组中存在562个DEGs,在基因集富集分析中,3条与眼部疾病和癌症相关的通路显著富集,分别为玻璃体视网膜变性、癌症相关蛋白多糖和PI3K-Akt信号通路。转移组n BAP1、n FOXO3和n ITPR2基因表达量分别为2 982.50(1 251.50,5 637.00)、1 223.00(914.75,2 706.25)和2 201.50(570.75,4 814.00),与非转移组的5 225.00(2 281.25,8 784.00)、2 293.50(1 254.25,3 693.75)和474.00(153.00,1 437.75)比较,转移组n BAP1和n FOXO3表达量显著下调,n ITPR2表达量显著上调,差异均有统计学意义(n Z=-1.786、-1.982、-3.065,均n P<0.10)。采用Cox模型单因素分析显示,n BAP1基因突变、n FOXO3基因表达下调和n ITPR2基因表达上调与不良预后显著相关(均n P<0.10)。n 结论:BAP1基因突变、n FOXO3基因下调和n ITPR2基因上调可作为UM转移和预后的潜在生物标志物。n “,”Objective:To explore the potential biomarkers for the metastasis and prognosis of uveal melanoma (UM) from molecular genetics.Methods:The data of 80 UM samples including 18 metastatic cases and 62 non-metastatic cases between 2007 and 2019 were downloaded from The Cancer Genome Atlas database.The tumor mutation burden and gene mutation information, including mutant genes, variant type, the proportion of single nucleotide variation (SNV) and mutation proportion, were analyzed using maftools package in R software, and the differentially expressed genes (DEGs) between the two groups were screened using edgeR package.The Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes enrichment analysis based on the DEGs was performed to screen prognosis-associated genes using KOBAS.Cox regression model was established using survival package in R software to verify the association between gene mutation and DEGs and the prognosis of UM patients.Results:The mutation analysis showed that missense mutation accounted for a large proportion in the mutation of UM samples, and the main variant type was SNV, and the mutation burden of UM was low.Compared with the non-metastatic UM samples, 562 DEGs were identified in the metastatic UM samples.Three pathways, including vitreoretinal degeneration, proteoglycans in cancer, and PI3K-Akt pathway, were significantly enriched.The expression levels of n BAP1, FOXO3 and n ITPR2 were 2 982.50 (1 251.50, 5 637.00), 1 223.00 (914.75, 2 706.25) and 2 201.50 (570.75, 4 814.00)in the metastatic group, and 5 225.00 (2 281.25, 8 784.00), 2 293.50 (1 254.25, 3 693.75) and 474.00 (153.00, 1 437.75) in the non-metastatic group, respectively.The expression of n BAP1 and n FOXO3 among the DEGs were significantly down-regulated and n ITPR2 expression was significantly up-regulated in the metastatic group in comparison with the non-metastatic group (n Z=-1.786, -1.982, -3.065; all at n P<0.10). The survival analysis revealedn BAP1 mutation, decreased n FOXO3 expression and increased n ITPR2 expression were associated with inferior survival of UM patients (all at n P<0.10).n Conclusions:BAP1 mutation, up-regulation of n FOXO3 and down-regulation of n ITPR2 might be potential biomarkers for the metastasis and prognosis of UM.n
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