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蔡元培执掌北京大学校长时期，是北大永远值得骄傲的记忆，他倡导“思想自由、兼容并包”，使马克思主义在北大可以作为一种学术而进行自由讨论，从而聚首了中国早期共产主义运动的启蒙者，中国共产党的创立便是由这些人担当的。后来，他虽然和中国共产党有过不愉快的“过节”，但是，他在晚年主事民权同盟、投身全民抗日救亡运动时，又与中国共产党声应气求、殊途同归了。
在好同恶异的东方人中实所罕有
蔡元培任北京大学校长前，北大一仍晚清封建学堂的旧习，可谓陈腐不堪，改革旧北大已成为当：务之急。北大改革千头万绪，文科理应率先改革。可是，文科学长久乏其人，此事令蔡元培着急犯愁。当他走访北京医专汤尔和与北大教授沈尹默时，他们都一致推荐陈独秀为北：犬文科学长，并以十多本《新青年》相赠，称陈独秀“确可为青年的指导者”。
他和陈独秀有过交往，都曾是爱国协会会员，同在上海的一家实验室做过炸药的实验，试图以暗杀和暴动的手段，推翻清王朝的反动统治，陈独秀的“毅力和责任心”，给他留下深刻的印象。他怀着求贤若渴的心情，登门拜访，聘请陈独秀任北大文科学长。1917年1月4日，他正式就任北大校长职务，所做的第一件事，便是聘请陈独秀为北大文科学长，可见其对陈独秀之倚重，对文科改革之期望。
于是，激荡旧中国的一场思想文化革命，便由陈独秀通过《新青年》以文学革命为突破口，在北大以锐不可挡之势而兴起狂澜。在北大可以自由办报办刊，自由讨论各种学说和主义，一向封闭、僵化的校园，顿时洋溢着开放、自由的清新空气。蔡元培对北大的文科改革是满意的，时隔多年，还说自陈独秀任文科学长后，北大“文学革命、思想自由的空气，遂大流行”。北大之所以能出现如此民主自由的生存空间，是得益于蔡元培的“思想自由，兼容并包”的办学方针。蔡元培逝世后，陈独秀在忆及往事时，还极富感情地说，蔡元培“这样容纳异己的雅量，尊重学术思想自由的卓见，在习于专制、好同恶异的东方人中实所罕有”。
蔡元培并不信仰马克思主义，但是，他却认为马克思主义作为一门知识，可以在北大进行研究和讨论。1920年3月，北京大学学生罗章龙、邓中夏等发起成立马克思学说研究会，为扩大影响、发展会员，罗章龙草拟一启事，请他批准在《北京大学日刊》发表，他当即同意。马克思学说研究会召开成立大会时，他应邀出席并发表演讲。当他得知研究会没有固定的活动场所时，便让校务处腾出两间房屋，一间当办公室，一间当图书室。这样做立即遭到非议和责难，可是，蔡元培却能力排众议，使马克思主义学说在北大自由讨论。
蔡元培在北大实行的这种容纳异己、兼容并包的办学方针，受到北京军阀政府的严词恫吓，安福系机关报《公言报》撰文说：“蔡元培氏自长北大以来，引用非人，败坏士习，有目共睹。蔡氏夙隶国民党，比年复借教育家之美名，实行灌输社会革命、无政府等等邪说，阴为破坏举动，而己则肥遁鸣高，聚群不逞之徒为之羽翼。”他们将北大出现的新思潮视为洪水猛兽，京师警察总监朱深便告诫同僚：“诸君不可视蔡元培为一书生，当视为十万雄师，吾人不可不以全副武装对付。”
北大成为最早在中国传播马克思主义的地方
众所周知，陈独秀和李大钊是中国共产党的主要创始人。陈独秀作为身体力行的革命家，以《新青年》和《每周评论》为阵地。在北大集聚了一大批向往科学与民主的青年知识分子。而李大钊则是在中国最早研究和宣传社会主义、马克思主义学说的知识分子，他的理论和实践活动也是在北大首先进行的。1917年11月，李大钊被聘为北大图书馆主任，后又被授予经济、史学系教授。他的《布尔什维克主义的胜利》《我的马克思主义观》《再论问题与主义》等文章，都是在北大任职时发表的。
青年毛泽东也曾受到过蔡元培的照拂。1918年9月，长沙新民学会的一些成员决定赴法勤工俭学。毛泽东、肖瑜、熊民楚、章根弟四人来到北京。毛泽东没有赴法勤工俭学，准备留在北大一边工作、一边读书。他原想搞到一份清洁工的工作就可以了，没曾想此事为蔡元培知晓，他没有让毛泽东去当清洁工，而是写信给李大钊，安排毛泽东在图书馆当助理员。青年毛泽东再也不为在京的生活犯愁了，而更重要的是他有了自学读书、结识名流学者和有志青年的机会。毛泽东由此而结识了陈独秀、李大钊，从而为他的早期政治活动奠定了基础。为此，毛泽东极为敬佩蔡元培，恭恭敬敬地称其为“夫子大人”。
五四运动后，中国的共产主义运动已在酝酿之中。1920年8月，陈独秀已在上海开始了组建中国共产党的工作。当年的北大学生、中共早期领导人罗章龙生前在《追忆蔡孑民校长》一文中说：
“蔡先生不聘请李大钊、陈独秀等到北大工作．那么共产党的活动就不会在北大开展，北大就不会成为五四运动、新文化运动的发祥地，不会成为最早在我国传播马克思主义、最早成立共产主义小组的地方。”
追溯中国共产党的历史，建党初期的五十几个党员中，北大的共产党员就占了相当大的比例，如陈独秀、李大钊、张申府、邓中夏、张国焘、罗章龙、刘仁静、陈公博、谭平山、谭植棠、高君宇、何孟雄等，和北大图书馆助理员毛泽东。可以毫不夸张地说，北京大学之所以成为中国早期共产主义运动的发源地，它的必然合理性来源于共产主义的伟大真理性，来源于知识分子追求真理的崇高品格，受惠于蔡元培“思想自由、兼容并包”的办学方针，受惠于蔡元培博大宽阔的胸怀和容纳异己的雅量。
从提倡“好人政府”到提出“不合作主义”
蔡元培是个著名的民主主义者，在寻求救国的方法时，他选择的是科学救国、教育救国的道路。当其理想破灭时，他也知道是军阀专制、政治腐败所致。然而，他却不能接受马克思主义的阶级斗争的理论，走的依然是一条改良主义的道路。1922年5月，他领衔发表《我们的政治主张》，提出“好人政府”的改良设想。“好人政府”的设想落空后，他又提出辞职的要求，并发表《关于不合作宣言》，认为：“我国近年来许多纠纷的事情，都是由不知退的小人酿成的。”他甚至天真地认为，如果好人都退出政府，那么，这个腐败政府也就会自然倒台。
中国共产党不同意他的改良主义的思想，陈独秀在中央机关报《向导》上发表文章说：“蔡校长为恶浊政治的空气所逼，愤而辞职，且正式发表宣言，历数政府国会之糊涂、堕落、无人格，他这种高尚洁己的品行，我们当然要承认他比一班仍在北京‘供职的小人和庸才’高明得万倍”，但是，作为“贤者”的蔡元培恰恰有着“消极”和“非民众”的“两个观念的缺点”。文章认为对待恶浊政治的态度，“必须彻头彻尾采取积 极苦战恶斗方法”，必须发动“全国有良心、有能力的士、农、工、商广大民众”。而“好人政府”和“不合作主义”，却“走到了退避怯懦的路上去，不啻为恶浊政治延长生命”。
中国共产党的警示和老友的劝告，并没能使蔡元培觉醒过来，他还是深信不合作主义。1923年10月10日，他在比利时沙洛埃劳工大学讲演时说：“现在世界最大的问题，是劳工与资本的交涉。在俄国已经执行最激烈的办法，为各国所恐怖。也有疑中国的鲍尔希维克化的，但中国决用不着这种过虑”，“决用不着马克思的阶级战争主义，决没有赤化的疑虑”。
可是，不到两年，震惊中外的五卅惨案爆发，他竟在致北京大学的电文中说：“间闻过激，颇滋疑虑。请纯用不合作主义促对方反省”，“言论上务以平等、公道为标帜，避去偏激名词”。显然，他对五卅惨案后中国共产党领导的磅礴于全国的反帝爱国运动，心中多有疑虑，感情上也难以认同。
“蔡先生动了一些火气，参加清党运动”
孙中山逝世后，国共合作的局面便面临危机。国民党内的一些人，对共产党这个富有朝气的政党历有成见，总想将共产党熔化在自己的组织中，吴稚晖便是最为典型的一个。1927年3月6日晚，吴稚晖和陈独秀相会，吴问陈：中国实行共产主义须多少年?这位率直的中共领袖竟不假思索地说，尚须20年。于是，吴稚晖便以此造舆论说，共产党要在20年内消灭国民党，以求得蔡元培等国民党元老对其清党反共提案的支持。3月21日，邵元冲告诉蔡元培，蒋介石已决心与共产党分离。
中国共产党已察觉到国共分裂的暗流，陈独秀为防止老友蔡元培卷入这一历史是非的旋涡之中，曾约蔡元培相会于亚东图书馆，临别时，陈独秀诚恳相告：“防止党内的左倾，防止党外的右倾”。显然，“党外的右倾”，指的便是萌芽中的清党反共的倾向。
1927年4月2日，国民党中央监察委员会在上海举行会议，吴稚晖、张静江、李石曾、蔡元培、古应芬等出席，由蔡元培主持会议，吴稚晖提出《请办覆党卖国之共产派党员案》。蒋介石正是利用这一议案，于10日后在上海发动了反革命政变，国共合作终于破裂，一大批共产党员和进步分子丧身在枪弹刀棍之下。
柳亚子是蔡元培的学生，师生情谊亲密，在《纪念蔡孑民先生》一文中，对这段“过节”毫不回护。文章说：“蔡先生一生和平敦厚，蔼然使人如坐春风，但在民国十六年上半年，却动了一些火气，参加清党运动。”
当然，蔡元培的清党分共的本意，无非是两党分家，全然没有料到蒋介石会大开杀戒，酿成惨祸。他是一个忠厚长者，决不忍戕害和杀戮革命者。可是，眼前所见的桩桩血案，已是惨不忍睹，他惟一能做的是尽其所能，保护革命者。四·一二清党开始，有人向他告密说，国民党上海市党部执行委员朱宜权是共产党员，他立即派亲信通知朱宜权离开上海。这样，朱宜权才免遭毒手。
组织中国民权保障同盟
1931年6月15日，上海公共租界巡捕房以所谓共产党嫌疑的罪名，逮捕了国际共产主义战士牛兰(Nouiens)夫妇。牛兰是共产国际远东局秘书，公开职务是“泛太平洋产业同盟办事处”秘书，暗地担负组织和资助中国工人运动的任务。牛兰夫妇被捕后，在狱中四次绝食，生命垂危。蔡元培与宋庆龄闻讯后，多次过问此事，并且致电国民政府：“请求特赦牛兰夫妇。”
不久，陈独秀等人也被捕入狱。他又给国民党当局去电报，要求“开其自新之路”。没想到这一纸电文，却遭到国民党南京市党部的警告，称他“电请保释，系徇情蔽护，为反动张目”。他没有被吓倒，竟两次来监狱看望陈独秀，并为再版的《独秀文存》作序。
在参与营救牛兰夫妇、陈独秀、邓演达等人的实践活动中，蔡元培与宋庆龄、杨杏佛已经酝酿成立一个组织，动员国内外一切进步人士参与行动，共同营救政治犯，以保障人民民主自由的权利。1932年12月18日，中国民权保障同盟正式成立，总会设在上海，主席宋庆龄，副主席蔡元培，总干事杨杏佛。12月30日，中国民权保障同盟举行中外记者招待会，蔡元培在会上发表演说，他说，中国民权保障同盟的服务宗旨是保障人权，“既同是人，就有一种共同应保障的普通人权。所以，我等第一，无党派的成见，”第二，“无国家的界限，”第三，“对于已定罪或未定罪的人，亦无甚区别”。
中国民权保障同盟成立后，蔡元培和宋庆龄等已将营救政治犯的个人行为，转化为社会知名人士参与的有组织的社会性行为，并产生出具有影响的作用力。牛兰夫妇、陈独秀、许德衍、侯外庐、刘煜生、廖承志、丁玲、罗登贤、陈赓、余文化、陈广、陈淑英等人，都曾不同程度地得到民权保障同盟的营救和关心。
中国民权保障同盟的行动，为国民党当局所不容。1933年2月12日，国民党南京市党部执委作出决议，给蔡元培和宋庆龄等人以警告的处分。国民党反动派不惜采取卑劣的特务手段，对民权保障同盟的主要领导人宋庆龄、蔡元培、杨杏佛等人恐吓威胁，恫吓不成，便真的下毒手。6月18日上午8时，杨杏佛为国民党特务所暗杀。蔡元培知道后悲痛愤慨，在去殡仪馆处理善后时，对《申报》记者说：“杨先生为一文人，遭此非常变故，人民生命毫无保障。”鲁迅说：“打死杨杏佛，原是对于孙夫人和蔡先生的警告，但他们是坚决的。”蔡元培不畏强权，仍为保障人权而斗争。10月，邹韬奋主编的《生活周刊》被查禁，他连发两电，要求国民党解禁。次年3月，何香凝之婿、共产党员李少石被捕，他又给最高当局去函去电，要求无罪开释。1935年2月，瞿秋白被捕后，他受鲁迅之托设法营救。在国民党召开的一次会议上，他提出：瞿秋白很有文学天才，中国不可多得，应网开一面，惜护人才。但是，他的意见却遭到戴季陶等人的坚决反对。浙江最早的共产党员徐梅坤，1927年7月在萧山县被捕后，关押于杭州陆军监狱长达九年，这年冬，由于他出具保状，徐梅坤才走出牢房。
“我们应该以大无畏的精神去抵抗”
九一八事变后，中国已面临严重的民族危机。可是，时为行政院外交部长的汪精卫，却暴露出明显的亲日倾向，作为多年的老朋友，蔡元培多次劝其改变态度，投身于全民族的抗日救亡运动中去。一次，汪精卫在南京请蔡元培吃饭，蔡元培在席间说：“我们应该坚定，应该以大无畏的精神去抵抗，我们的后辈也抵抗。中国一定有出路。”说话间两行热泪潸然而下，泪珠滴人汤盘中，他竟和着汤一道喝了下去，举座无不感动。
蔡元培已近古稀之年，身体日渐衰弱，加之患有多年足疾，确实难以承负繁杂的社会工作。然而，只要是抗日的社会活动，他还是要拖着疲弱之躯，勉力担当。全面抗战爆发后，他担任上海文化界救亡协会国际宣传 委员会委员，与各大学校长联名致电九国公约会议，呼吁国际社会制止日本帝国主义的侵略行为。他还领衔发表全国大学校长、教授宣言，控诉日本破坏我国文化机关的罪行。
1937年11月27日，蔡元培由丁燮林及妻弟周子竟陪同到香港养病。在香港期间，他仍为全民抗战而奔波操劳。次年5月20日，保卫中国大同盟和香港国防医药筹赈会举办美术展览会，他参观后发表了振奋人心的演讲。
毛泽东评价他：学界泰斗，人世楷模
中国共产党十分关注蔡元培的抗日言行，由衷地敬佩他的爱国主义精神和民族主义气节。1936年8月25日，中共中央致信国民党中央并转全体国民党员信，提出在抗日的大前提下，国共两党实行第二次合作。9月22日，毛泽东即给蔡元培发来一函，再提中国共产党关于第二次国共合作的创议，信中说：
“共产党创议抗日统一战线，国人皆曰可行．知先生亦必日可行，独于当权在势之衮衮诸公或则日不可行”，“八月二十五日，共产党致国民党书，虽旧策之重提，实救亡之至计，先生将何以处此耶”?“从同志从朋友称述先生同情抗日救国事业，闻之而欢欣者，更绝不止我一人，绝不止共产党，必为全民族之诚实儿女毫无疑义也”。
他虽然没有给毛泽东复信，但是，对国共两党的抗日态度，却有着自己的独立思考。他对前来探望的刘海粟说：“现在大片国土沦丧，人民流离失所，当权者对救国大业是包而不办。”不满情绪已溢于言表。反之，他对抗日民族统一战线却是心驰神往。1938年4月23日，吴玉章由欧洲回国，道经香港，前来拜访，二人亲切交谈，吴玉章重叙抗日民族统一战线的话题，他听后尤为高兴，为国共两党能化干戈为玉帛、共赴国难、同抵外侮而欣喜鼓舞。他对吴玉章说：“国共能重新合作、共赴国难，为国家民族之大幸也。”
1939年8月，已过古稀之年的蔡元培，在病中阅读了斯诺的《西行漫记》和其夫人韦尔斯的《续西行漫记》。他读得很认真，在日记上记下了每一章的标题，还特别记下：“其第三章中有‘共产党基本政策，’‘论对日战争’等节，述毛泽东的意见，颇详。”“第五章之等到他醒来的时候，对于中国前途的希望，说得甚为恳切。”他对毛泽东论述的抗日民族统一战线尤为关注，对中国抗日战争的前途充满胜利的信心。
中国共产党始终敬仰蔡元培的高风亮节。1940年2月5日，陕甘宁边区自然科学研究会在延安成立，毛泽东和陈云等人出席会议并讲话，公推蔡元培为名誉主席。半个月后，延安举行各界宪政促进会成立大会，毛泽东出席会议并作著名的《新民主主义的宪政》的演说，会议又通过蔡元培为名誉主席团成员。3月5日，蔡元培病逝于香港。3月7日，毛泽东即发来唁电：
“香港九龙奥士甸道蔡孑民先生家属礼鉴：孑民先生，学界泰斗，人世楷模，遽归道山，震悼曷极，谨电驰唁，尚祈节哀。”
3月9日，中共中央又发来唁电，并派廖承志专程前来吊唁。4月14日下午，延安各界千余人在中央大礼堂举行蔡元培、吴承仕二先生追悼大会，会场悬满挽联，周恩来送的挽联是：
“从排满到抗日战争，先生之志在民族革命：
从五四到人权同盟，先生之行在民主自由。”
这是对蔡元培一生精确、崇高的历史评价，中国共产党人永远缅怀和纪念这位为民族复兴而不懈奋斗的哲人和先贤。
责编 肖 黎
在好同恶异的东方人中实所罕有
蔡元培任北京大学校长前，北大一仍晚清封建学堂的旧习，可谓陈腐不堪，改革旧北大已成为当：务之急。北大改革千头万绪，文科理应率先改革。可是，文科学长久乏其人，此事令蔡元培着急犯愁。当他走访北京医专汤尔和与北大教授沈尹默时，他们都一致推荐陈独秀为北：犬文科学长，并以十多本《新青年》相赠，称陈独秀“确可为青年的指导者”。
他和陈独秀有过交往，都曾是爱国协会会员，同在上海的一家实验室做过炸药的实验，试图以暗杀和暴动的手段，推翻清王朝的反动统治，陈独秀的“毅力和责任心”，给他留下深刻的印象。他怀着求贤若渴的心情，登门拜访，聘请陈独秀任北大文科学长。1917年1月4日，他正式就任北大校长职务，所做的第一件事，便是聘请陈独秀为北大文科学长，可见其对陈独秀之倚重，对文科改革之期望。
于是，激荡旧中国的一场思想文化革命，便由陈独秀通过《新青年》以文学革命为突破口，在北大以锐不可挡之势而兴起狂澜。在北大可以自由办报办刊，自由讨论各种学说和主义，一向封闭、僵化的校园，顿时洋溢着开放、自由的清新空气。蔡元培对北大的文科改革是满意的，时隔多年，还说自陈独秀任文科学长后，北大“文学革命、思想自由的空气，遂大流行”。北大之所以能出现如此民主自由的生存空间，是得益于蔡元培的“思想自由，兼容并包”的办学方针。蔡元培逝世后，陈独秀在忆及往事时，还极富感情地说，蔡元培“这样容纳异己的雅量，尊重学术思想自由的卓见，在习于专制、好同恶异的东方人中实所罕有”。
蔡元培并不信仰马克思主义，但是，他却认为马克思主义作为一门知识，可以在北大进行研究和讨论。1920年3月，北京大学学生罗章龙、邓中夏等发起成立马克思学说研究会，为扩大影响、发展会员，罗章龙草拟一启事，请他批准在《北京大学日刊》发表，他当即同意。马克思学说研究会召开成立大会时，他应邀出席并发表演讲。当他得知研究会没有固定的活动场所时，便让校务处腾出两间房屋，一间当办公室，一间当图书室。这样做立即遭到非议和责难，可是，蔡元培却能力排众议，使马克思主义学说在北大自由讨论。
蔡元培在北大实行的这种容纳异己、兼容并包的办学方针，受到北京军阀政府的严词恫吓，安福系机关报《公言报》撰文说：“蔡元培氏自长北大以来，引用非人，败坏士习，有目共睹。蔡氏夙隶国民党，比年复借教育家之美名，实行灌输社会革命、无政府等等邪说，阴为破坏举动，而己则肥遁鸣高，聚群不逞之徒为之羽翼。”他们将北大出现的新思潮视为洪水猛兽，京师警察总监朱深便告诫同僚：“诸君不可视蔡元培为一书生，当视为十万雄师，吾人不可不以全副武装对付。”
北大成为最早在中国传播马克思主义的地方
众所周知，陈独秀和李大钊是中国共产党的主要创始人。陈独秀作为身体力行的革命家，以《新青年》和《每周评论》为阵地。在北大集聚了一大批向往科学与民主的青年知识分子。而李大钊则是在中国最早研究和宣传社会主义、马克思主义学说的知识分子，他的理论和实践活动也是在北大首先进行的。1917年11月，李大钊被聘为北大图书馆主任，后又被授予经济、史学系教授。他的《布尔什维克主义的胜利》《我的马克思主义观》《再论问题与主义》等文章，都是在北大任职时发表的。
青年毛泽东也曾受到过蔡元培的照拂。1918年9月，长沙新民学会的一些成员决定赴法勤工俭学。毛泽东、肖瑜、熊民楚、章根弟四人来到北京。毛泽东没有赴法勤工俭学，准备留在北大一边工作、一边读书。他原想搞到一份清洁工的工作就可以了，没曾想此事为蔡元培知晓，他没有让毛泽东去当清洁工，而是写信给李大钊，安排毛泽东在图书馆当助理员。青年毛泽东再也不为在京的生活犯愁了，而更重要的是他有了自学读书、结识名流学者和有志青年的机会。毛泽东由此而结识了陈独秀、李大钊，从而为他的早期政治活动奠定了基础。为此，毛泽东极为敬佩蔡元培，恭恭敬敬地称其为“夫子大人”。
五四运动后，中国的共产主义运动已在酝酿之中。1920年8月，陈独秀已在上海开始了组建中国共产党的工作。当年的北大学生、中共早期领导人罗章龙生前在《追忆蔡孑民校长》一文中说：
“蔡先生不聘请李大钊、陈独秀等到北大工作．那么共产党的活动就不会在北大开展，北大就不会成为五四运动、新文化运动的发祥地，不会成为最早在我国传播马克思主义、最早成立共产主义小组的地方。”
追溯中国共产党的历史，建党初期的五十几个党员中，北大的共产党员就占了相当大的比例，如陈独秀、李大钊、张申府、邓中夏、张国焘、罗章龙、刘仁静、陈公博、谭平山、谭植棠、高君宇、何孟雄等，和北大图书馆助理员毛泽东。可以毫不夸张地说，北京大学之所以成为中国早期共产主义运动的发源地，它的必然合理性来源于共产主义的伟大真理性，来源于知识分子追求真理的崇高品格，受惠于蔡元培“思想自由、兼容并包”的办学方针，受惠于蔡元培博大宽阔的胸怀和容纳异己的雅量。
从提倡“好人政府”到提出“不合作主义”
蔡元培是个著名的民主主义者，在寻求救国的方法时，他选择的是科学救国、教育救国的道路。当其理想破灭时，他也知道是军阀专制、政治腐败所致。然而，他却不能接受马克思主义的阶级斗争的理论，走的依然是一条改良主义的道路。1922年5月，他领衔发表《我们的政治主张》，提出“好人政府”的改良设想。“好人政府”的设想落空后，他又提出辞职的要求，并发表《关于不合作宣言》，认为：“我国近年来许多纠纷的事情，都是由不知退的小人酿成的。”他甚至天真地认为，如果好人都退出政府，那么，这个腐败政府也就会自然倒台。
中国共产党不同意他的改良主义的思想，陈独秀在中央机关报《向导》上发表文章说：“蔡校长为恶浊政治的空气所逼，愤而辞职，且正式发表宣言，历数政府国会之糊涂、堕落、无人格，他这种高尚洁己的品行，我们当然要承认他比一班仍在北京‘供职的小人和庸才’高明得万倍”，但是，作为“贤者”的蔡元培恰恰有着“消极”和“非民众”的“两个观念的缺点”。文章认为对待恶浊政治的态度，“必须彻头彻尾采取积 极苦战恶斗方法”，必须发动“全国有良心、有能力的士、农、工、商广大民众”。而“好人政府”和“不合作主义”，却“走到了退避怯懦的路上去，不啻为恶浊政治延长生命”。
中国共产党的警示和老友的劝告，并没能使蔡元培觉醒过来，他还是深信不合作主义。1923年10月10日，他在比利时沙洛埃劳工大学讲演时说：“现在世界最大的问题，是劳工与资本的交涉。在俄国已经执行最激烈的办法，为各国所恐怖。也有疑中国的鲍尔希维克化的，但中国决用不着这种过虑”，“决用不着马克思的阶级战争主义，决没有赤化的疑虑”。
可是，不到两年，震惊中外的五卅惨案爆发，他竟在致北京大学的电文中说：“间闻过激，颇滋疑虑。请纯用不合作主义促对方反省”，“言论上务以平等、公道为标帜，避去偏激名词”。显然，他对五卅惨案后中国共产党领导的磅礴于全国的反帝爱国运动，心中多有疑虑，感情上也难以认同。
“蔡先生动了一些火气，参加清党运动”
孙中山逝世后，国共合作的局面便面临危机。国民党内的一些人，对共产党这个富有朝气的政党历有成见，总想将共产党熔化在自己的组织中，吴稚晖便是最为典型的一个。1927年3月6日晚，吴稚晖和陈独秀相会，吴问陈：中国实行共产主义须多少年?这位率直的中共领袖竟不假思索地说，尚须20年。于是，吴稚晖便以此造舆论说，共产党要在20年内消灭国民党，以求得蔡元培等国民党元老对其清党反共提案的支持。3月21日，邵元冲告诉蔡元培，蒋介石已决心与共产党分离。
中国共产党已察觉到国共分裂的暗流，陈独秀为防止老友蔡元培卷入这一历史是非的旋涡之中，曾约蔡元培相会于亚东图书馆，临别时，陈独秀诚恳相告：“防止党内的左倾，防止党外的右倾”。显然，“党外的右倾”，指的便是萌芽中的清党反共的倾向。
1927年4月2日，国民党中央监察委员会在上海举行会议，吴稚晖、张静江、李石曾、蔡元培、古应芬等出席，由蔡元培主持会议，吴稚晖提出《请办覆党卖国之共产派党员案》。蒋介石正是利用这一议案，于10日后在上海发动了反革命政变，国共合作终于破裂，一大批共产党员和进步分子丧身在枪弹刀棍之下。
柳亚子是蔡元培的学生，师生情谊亲密，在《纪念蔡孑民先生》一文中，对这段“过节”毫不回护。文章说：“蔡先生一生和平敦厚，蔼然使人如坐春风，但在民国十六年上半年，却动了一些火气，参加清党运动。”
当然，蔡元培的清党分共的本意，无非是两党分家，全然没有料到蒋介石会大开杀戒，酿成惨祸。他是一个忠厚长者，决不忍戕害和杀戮革命者。可是，眼前所见的桩桩血案，已是惨不忍睹，他惟一能做的是尽其所能，保护革命者。四·一二清党开始，有人向他告密说，国民党上海市党部执行委员朱宜权是共产党员，他立即派亲信通知朱宜权离开上海。这样，朱宜权才免遭毒手。
组织中国民权保障同盟
1931年6月15日，上海公共租界巡捕房以所谓共产党嫌疑的罪名，逮捕了国际共产主义战士牛兰(Nouiens)夫妇。牛兰是共产国际远东局秘书，公开职务是“泛太平洋产业同盟办事处”秘书，暗地担负组织和资助中国工人运动的任务。牛兰夫妇被捕后，在狱中四次绝食，生命垂危。蔡元培与宋庆龄闻讯后，多次过问此事，并且致电国民政府：“请求特赦牛兰夫妇。”
不久，陈独秀等人也被捕入狱。他又给国民党当局去电报，要求“开其自新之路”。没想到这一纸电文，却遭到国民党南京市党部的警告，称他“电请保释，系徇情蔽护，为反动张目”。他没有被吓倒，竟两次来监狱看望陈独秀，并为再版的《独秀文存》作序。
在参与营救牛兰夫妇、陈独秀、邓演达等人的实践活动中，蔡元培与宋庆龄、杨杏佛已经酝酿成立一个组织，动员国内外一切进步人士参与行动，共同营救政治犯，以保障人民民主自由的权利。1932年12月18日，中国民权保障同盟正式成立，总会设在上海，主席宋庆龄，副主席蔡元培，总干事杨杏佛。12月30日，中国民权保障同盟举行中外记者招待会，蔡元培在会上发表演说，他说，中国民权保障同盟的服务宗旨是保障人权，“既同是人，就有一种共同应保障的普通人权。所以，我等第一，无党派的成见，”第二，“无国家的界限，”第三，“对于已定罪或未定罪的人，亦无甚区别”。
中国民权保障同盟成立后，蔡元培和宋庆龄等已将营救政治犯的个人行为，转化为社会知名人士参与的有组织的社会性行为，并产生出具有影响的作用力。牛兰夫妇、陈独秀、许德衍、侯外庐、刘煜生、廖承志、丁玲、罗登贤、陈赓、余文化、陈广、陈淑英等人，都曾不同程度地得到民权保障同盟的营救和关心。
中国民权保障同盟的行动，为国民党当局所不容。1933年2月12日，国民党南京市党部执委作出决议，给蔡元培和宋庆龄等人以警告的处分。国民党反动派不惜采取卑劣的特务手段，对民权保障同盟的主要领导人宋庆龄、蔡元培、杨杏佛等人恐吓威胁，恫吓不成，便真的下毒手。6月18日上午8时，杨杏佛为国民党特务所暗杀。蔡元培知道后悲痛愤慨，在去殡仪馆处理善后时，对《申报》记者说：“杨先生为一文人，遭此非常变故，人民生命毫无保障。”鲁迅说：“打死杨杏佛，原是对于孙夫人和蔡先生的警告，但他们是坚决的。”蔡元培不畏强权，仍为保障人权而斗争。10月，邹韬奋主编的《生活周刊》被查禁，他连发两电，要求国民党解禁。次年3月，何香凝之婿、共产党员李少石被捕，他又给最高当局去函去电，要求无罪开释。1935年2月，瞿秋白被捕后，他受鲁迅之托设法营救。在国民党召开的一次会议上，他提出：瞿秋白很有文学天才，中国不可多得，应网开一面，惜护人才。但是，他的意见却遭到戴季陶等人的坚决反对。浙江最早的共产党员徐梅坤，1927年7月在萧山县被捕后，关押于杭州陆军监狱长达九年，这年冬，由于他出具保状，徐梅坤才走出牢房。
“我们应该以大无畏的精神去抵抗”
九一八事变后，中国已面临严重的民族危机。可是，时为行政院外交部长的汪精卫，却暴露出明显的亲日倾向，作为多年的老朋友，蔡元培多次劝其改变态度，投身于全民族的抗日救亡运动中去。一次，汪精卫在南京请蔡元培吃饭，蔡元培在席间说：“我们应该坚定，应该以大无畏的精神去抵抗，我们的后辈也抵抗。中国一定有出路。”说话间两行热泪潸然而下，泪珠滴人汤盘中，他竟和着汤一道喝了下去，举座无不感动。
蔡元培已近古稀之年，身体日渐衰弱，加之患有多年足疾，确实难以承负繁杂的社会工作。然而，只要是抗日的社会活动，他还是要拖着疲弱之躯，勉力担当。全面抗战爆发后，他担任上海文化界救亡协会国际宣传 委员会委员，与各大学校长联名致电九国公约会议，呼吁国际社会制止日本帝国主义的侵略行为。他还领衔发表全国大学校长、教授宣言，控诉日本破坏我国文化机关的罪行。
1937年11月27日，蔡元培由丁燮林及妻弟周子竟陪同到香港养病。在香港期间，他仍为全民抗战而奔波操劳。次年5月20日，保卫中国大同盟和香港国防医药筹赈会举办美术展览会，他参观后发表了振奋人心的演讲。
毛泽东评价他：学界泰斗，人世楷模
中国共产党十分关注蔡元培的抗日言行，由衷地敬佩他的爱国主义精神和民族主义气节。1936年8月25日，中共中央致信国民党中央并转全体国民党员信，提出在抗日的大前提下，国共两党实行第二次合作。9月22日，毛泽东即给蔡元培发来一函，再提中国共产党关于第二次国共合作的创议，信中说：
“共产党创议抗日统一战线，国人皆曰可行．知先生亦必日可行，独于当权在势之衮衮诸公或则日不可行”，“八月二十五日，共产党致国民党书，虽旧策之重提，实救亡之至计，先生将何以处此耶”?“从同志从朋友称述先生同情抗日救国事业，闻之而欢欣者，更绝不止我一人，绝不止共产党，必为全民族之诚实儿女毫无疑义也”。
他虽然没有给毛泽东复信，但是，对国共两党的抗日态度，却有着自己的独立思考。他对前来探望的刘海粟说：“现在大片国土沦丧，人民流离失所，当权者对救国大业是包而不办。”不满情绪已溢于言表。反之，他对抗日民族统一战线却是心驰神往。1938年4月23日，吴玉章由欧洲回国，道经香港，前来拜访，二人亲切交谈，吴玉章重叙抗日民族统一战线的话题，他听后尤为高兴，为国共两党能化干戈为玉帛、共赴国难、同抵外侮而欣喜鼓舞。他对吴玉章说：“国共能重新合作、共赴国难，为国家民族之大幸也。”
1939年8月，已过古稀之年的蔡元培，在病中阅读了斯诺的《西行漫记》和其夫人韦尔斯的《续西行漫记》。他读得很认真，在日记上记下了每一章的标题，还特别记下：“其第三章中有‘共产党基本政策，’‘论对日战争’等节，述毛泽东的意见，颇详。”“第五章之等到他醒来的时候，对于中国前途的希望，说得甚为恳切。”他对毛泽东论述的抗日民族统一战线尤为关注，对中国抗日战争的前途充满胜利的信心。
中国共产党始终敬仰蔡元培的高风亮节。1940年2月5日，陕甘宁边区自然科学研究会在延安成立，毛泽东和陈云等人出席会议并讲话，公推蔡元培为名誉主席。半个月后，延安举行各界宪政促进会成立大会，毛泽东出席会议并作著名的《新民主主义的宪政》的演说，会议又通过蔡元培为名誉主席团成员。3月5日，蔡元培病逝于香港。3月7日，毛泽东即发来唁电：
“香港九龙奥士甸道蔡孑民先生家属礼鉴：孑民先生，学界泰斗，人世楷模，遽归道山，震悼曷极，谨电驰唁，尚祈节哀。”
3月9日，中共中央又发来唁电，并派廖承志专程前来吊唁。4月14日下午，延安各界千余人在中央大礼堂举行蔡元培、吴承仕二先生追悼大会，会场悬满挽联，周恩来送的挽联是：
“从排满到抗日战争，先生之志在民族革命：
从五四到人权同盟，先生之行在民主自由。”
这是对蔡元培一生精确、崇高的历史评价，中国共产党人永远缅怀和纪念这位为民族复兴而不懈奋斗的哲人和先贤。
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