【摘 要】
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目的应用生物信息学方法预测分析结核分枝杆菌Rv2903c基因编码蛋白LepB的结构与功能。方法在GenBank数据库中获取Rv2903c的基因信息;运用ProtParam及ProtScale预测其编码LepB
【机 构】
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潍坊医学院医学检验学系,山东潍坊,261053;潍坊医学院临床医学院
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目的应用生物信息学方法预测分析结核分枝杆菌Rv2903c基因编码蛋白LepB的结构与功能。方法在GenBank数据库中获取Rv2903c的基因信息;运用ProtParam及ProtScale预测其编码LepB蛋白的理化性质及亲疏水性;应用NetPhos、TMHMM、MotifScan分析LepB的磷酸化位点、跨膜区及翻译后修饰位点;分别利用SOPMA、SWISS MODEL分析LepB蛋白的二级结构并建立三级结构模型;利用Bepired、BCpred及SYFPEITHI、NetMHCIIpan预测LepB蛋白的B细胞与T细胞表位。结果 Rv2903c编码的LepB蛋白含有294个氨基酸残基,亲水系数-0.230,为亲水性蛋白。LepB含有21个磷酸化位点,存在一处跨膜区域,二级结构以无规则卷曲为主(占55.1%),结构较疏松,利用SWISS-MODEL建构建出LepB蛋白的三级结构。LepB蛋白含有9个B细胞抗原表位。结论 LepB蛋白是结核分枝杆菌的信号肽酶,切割完成蛋白质分泌的信号肽。生物信息学预测LepB是跨膜蛋白,含有多个抗原表位,可作为结核治疗的潜在分子靶标。
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