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高等学校在国家科技创新体系中发挥着重要的作用，但其自身在科研组织过程中存在着不能有效面对国家需求和行业发展需要、科学研究各自为阵、科研管理不到位等情况，这些问题的存在极大地影响了高校科技创新作用的发挥。本文经研究探讨，认为做好科研方向顶层设计、注重人才队伍和团队建设，注重科研过程管理，根据国家科技计划体系相关要求做好组织和管理创新是解决这些问题的关键。