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随着交通运输专业硕士研究生培养层次的增加，普通硕士、全日制工程硕士和普通工程硕士三种不同类型的硕士研究生培养层次带来了新的研究生培养问题。在分析不同研究生培养目标和培养对象特点的基础上，本文提出了针对普通型硕士研究生的科研强化培养模式，针对全日制工程硕士的实践强化培养模式和针对普通工程硕士的科研认知培养模式。实践证明，分层次有针对性的研究生培养模式受到了学生的欢迎，培养效果正在逐渐显现。