【摘 要】
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以毛果杨全基因组数据为试验材料,探究其SSR位点的分布模式及规律,通过分析可知,毛果杨全基因组全长307840768 bp,共存在726种SSR重复单元,213634个SSR位点,平均每1441 bp出现一个SSR位点.1号染色体SSR位点和种类最多,17号染色体SSR位点最少.单核苷酸到六核苷酸的数量呈降低趋势,其中单核苷酸～四核苷酸在不同染色体中的比例相对稳定,比例接近61.5:16.5:7.3:1.毛果杨SSR序列长度范围在10～216 bp间变化,平均长度为14.48 bp,主要是以10～30 b
【机 构】
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河北农业大学林学院,河北省林木种质资源与森林保护重点实验室,保定, 071000;河北大学药学院,河北省药物质量分析控制重点实验室,保定, 071002;河北农业大学林学院,河北省林木种质资源与森林保
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以毛果杨全基因组数据为试验材料,探究其SSR位点的分布模式及规律,通过分析可知,毛果杨全基因组全长307840768 bp,共存在726种SSR重复单元,213634个SSR位点,平均每1441 bp出现一个SSR位点.1号染色体SSR位点和种类最多,17号染色体SSR位点最少.单核苷酸到六核苷酸的数量呈降低趋势,其中单核苷酸～四核苷酸在不同染色体中的比例相对稳定,比例接近61.5:16.5:7.3:1.毛果杨SSR序列长度范围在10～216 bp间变化,平均长度为14.48 bp,主要是以10～30 bp长度的序列为主,达到95％.研究发现SSR重复单元都随着重复长度的递增,微卫星丰度呈递减趋势,即SSR重复次数越多,微卫星出现频率越低.所有类型SSR中序列显示出显著的碱基偏好性,均以A/T的重复类型占主导地位.毛果杨全基因组共存在383种稀有SSR单元,不同染色体上存在的SSR稀有单元数存在较大差异.通过SSR分布矩阵可将所有染色体分为3大类,第1类的2号、3号、4号、9号、15号、16号共6对染色体与其他染色体间相对独立,没有或很少与其他染色体间发生交流;在第2、3大类中,各染色体间的关系相对比较紧密,这些染色体存在频繁的交流,进而存在相近的SSR位点分布模式.
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