【摘 要】
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从NCBI公共数据库下载获得22371条甘薯EST序列,去除低质量的和冗余的序列后,得到总长为5.09×103kb的9204条唯一序列。从这些序列中搜索到总共436个SSR位点,平均相距11.68kb
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从NCBI公共数据库下载获得22371条甘薯EST序列,去除低质量的和冗余的序列后,得到总长为5.09×103kb的9204条唯一序列。从这些序列中搜索到总共436个SSR位点,平均相距11.68kb出现一个SSR。这些SSR的出现频率和平均长度分别为4.4%和24.28bp。在2～6bp的重复基元中,六核苷酸重复基元出现频率最高(30.96%),其次是三核苷酸重复基元(29.59%)和二核苷酸重复基元(24.54%)。出现最多的重复基元是AG/CT(16.28%),其次是AAG/CTT(11.01%)。
22371 sweet potato EST sequences were downloaded from the NCBI public database, and 9204 unique sequences with a total length of 5.09 × 103 kb were obtained after removal of low quality and redundant sequences. A total of 436 SSR loci were searched from these sequences, with an average of 11.68 kb showing an SSR. The frequency and average length of these SSRs were 4.4% and 24.28 bp, respectively. Among 2 ~ 6bp repeat motifs, hexanucleotide repeat motifs were the highest (30.96%), followed by trinucleotide repeat motifs (29.59%) and dinucleotide repeat motifs (24.54%), . The most frequent repeat motifs were AG / CT (16.28%), followed by AAG / CTT (11.01%).
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