【摘 要】
：
目的 构建基于m6 A甲基化调控因子的食管癌预后风险模型,并寻找预后生物标志物.方法 从TCGA数据库下载食管癌转录组数据和临床资料,提取m6 A甲基化调控因子基因表达数据,利用R软件“limma”包进行差异表达分析,采用单因素Cox回归分析筛选预后有关联的m6A调控因子,多因素Cox回归分析构建食管癌预后风险模型.基于模型计算每位患者的风险评分,并根据风险评分的中位数将患者分为高、低风险组,采用Kaplan-Meier生存分析和ROC曲线对模型效能进行评价.结合临床病理特征,采用Cox回归分析验证该模型
【机 构】
：
北京中医药大学临床医学院,北京 100029;中日友好医院中西医结合肿瘤内科,北京 100029;上海中医药大学研究生院,上海 201203;深圳罗湖中医院,广东 深圳 518001
论文部分内容阅读
目的 构建基于m6 A甲基化调控因子的食管癌预后风险模型,并寻找预后生物标志物.方法 从TCGA数据库下载食管癌转录组数据和临床资料,提取m6 A甲基化调控因子基因表达数据,利用R软件“limma”包进行差异表达分析,采用单因素Cox回归分析筛选预后有关联的m6A调控因子,多因素Cox回归分析构建食管癌预后风险模型.基于模型计算每位患者的风险评分,并根据风险评分的中位数将患者分为高、低风险组,采用Kaplan-Meier生存分析和ROC曲线对模型效能进行评价.结合临床病理特征,采用Cox回归分析验证该模型在食管癌预后评估中的有效性.结果 差异表达分析显示,ALKBH5、KIAA1429、RBM15、YTHDF1、HNRNPC、METTL3、WTAP、YTHDF2和YTHDC1在食管癌组织中高表达,单因素分析结果显示过高表达ALKBH5(HR=0.953,95％CI为0.920～0.987,P=0.01)的食管癌患者预后较好,多因素分析,变量筛选方法选用LR向后剔除法,构建包含4个基因的预后风险模型,Ka-plan-Meier生存分析显示高风险组5年总生存率较低风险组差(χ2=5.53,P=0.02),ROC曲线提示模型预测性良好(AUC=0.759).模型风险评分及临床病理特征纳入Cox回归分析,结果显示高风险评分是食管癌患者预后的唯一独立危险因素.结论 采用生物信息学法构建的食管癌预后风险模型,预测能力较好,并确定了一个保护性生物标记物ALKBH5.
其他文献
乳腺癌是一种全身性疾病,早期就可能存在潜在的远处转移.确诊后的早期乳腺癌患者循环血和远处器官可能存在肿瘤细胞或微小转移病灶,乳腺癌单纯局部治疗(根治性手术和放射治疗)后血行转移是治疗失败的主要原因,手术后接受全身辅助治疗能够降低肿瘤复发或死亡风险.本共识基于《中国抗癌协会乳腺癌诊治指南与规范》(2019版)、《CSCO乳腺癌诊疗指南》(2021.V1)、2021 St.Gallen共识和《NCCN乳腺癌临床实践指南》(2021.V5),由河南省肿瘤诊疗质量控制中心乳腺癌专家委员会讨论通过,旨在进一步加强现
男性乳腺癌发病率低,故对其进行大规模的临床试验及数据分析较为困难.男性乳腺癌的治疗方式与女性乳腺癌基本相同,包括内分泌治疗、化疗、放疗、靶向治疗等方式在内的综合性治疗.目前研究结果显示,男性乳腺癌激素受体阳性率高达>90％,因此,内分泌治疗在男性乳腺癌的综合治疗中占据了重要地位.其治疗方式的选择主要参考女性乳腺癌的治疗标准,目前他莫昔芬仍是男性乳腺癌的主要全身治疗方式,单独应用芳香化酶抑制剂的效果不理想,氟维司群及CDK4/6抑制剂亦正逐渐被应用,抗HER2靶向药物、聚二磷酸腺苷核糖聚合酶(PARP)抑制
目的 构建前列腺特异性膜抗原(PSMA)真核表达重组载体pcDNA3-FOLH1,293细胞系中过表达PSMA蛋白,纯化外源过表达PSMA蛋白,分析其位点特异性N-糖基化修饰谱.方法 聚合酶链式反应(PCR)扩增叶酸水解酶1(FOLH1)全长基因,利用重组技术将FOLH1基因连接到真核表达载体pcDNA3;双酶切鉴定及测序无误后,利用转染技术将真核表达载体转染进293细胞系,肽-N-糖苷酶F(PNGase F)酶切鉴定PSMA蛋白;免疫沉淀技术纯化293细胞系外源过表达PSMA蛋白,质谱分析位点特异性N-
目的 探讨miR-641在肺腺癌中的表达情况及其分子生物学作用机制.方法 收集延安大学附属医院胸外科2018-01-01-2019-03-31行手术切除的30例肺腺癌患者癌组织及对应周围正常肺组织标本,采用qPCR法检测肺腺癌组织和肺腺癌细胞系A549、H1299和H157中miR-641表达水平,分析miR-641表达与肺腺癌患者临床特征关系.MTT法检测miR-641对肺腺癌A549细胞增殖能力的影响;Transwell侵袭及迁移实验检测miR-641对肺腺癌A549细胞迁移及侵袭能力的影响;靶基因双
目的 分析ⅢA-N2期非小细胞肺癌(NSCLC)术后放疗(PORT)的个体化策略与影响因素,并探讨N2期NSCLC患者PORT未来发展方向.方法 应用PubMed及CNKI期刊全文数据库检索系统,以“ⅢA-N2期NSCLC、PORT和ⅢA-N2期非小细胞肺癌及术后放疗”为关键词,检索2021-07-31前相关文献.共获得英文文献390篇,中文文献24篇.纳入标准:(1)PORT对不同临床特征ⅢA-N2期NSCLC患者生存研究;(2)ⅢA-N2期NSCLC PORT最佳时机研究;(3)ⅢA-N2期NSCLC
手术治疗在乳腺癌的多学科综合治疗中仍占据着重要地位.在制定乳腺癌手术治疗决策时需考虑到肿瘤临床分期、原发灶位置和病变累及范围以及患者意愿,严格掌握各种手术方式的适应证和禁忌证,规范手术操作.本共识由河南省肿瘤诊疗质量控制中心乳腺癌专家委员会参照国内外的乳腺癌相关诊疗指南制定,旨在强化乳腺癌相关诊疗指南在临床实践中的可操作性,为临床工作中所面临的各种具体问题提供明确的诊疗建议.
目的 评估辽宁省农村居民结直肠癌患病影响因素,探索结直肠癌筛查管理策略.方法 选取2012-07-01-2019-06-30在沈阳苏家屯区和营口盖州市居住的40～74岁常住居民,采用整群抽样的方法,按照国家推荐的结直肠癌早诊早治筛查方案通过问卷调查和便潜血检查两种方法初筛出高危人群,对高危人群行结直肠镜检查复筛,采用χ2检验和多因素Logistic逐步回归分析结直肠癌患病的影响因素.结果 共完成初筛164415例,复筛17950例,检出结直肠癌患者109例,高危人群结直肠癌检出率为0.61％(109/17
多原发恶性肿瘤(multiple primary malignant neo-plasms,MPMN)是指在同一患者的不同部位或器官同时或先后发生 2 种或以上的原发恶性肿瘤,又称重复癌、多重癌,临床较少见,发生率约为 0.73％～11.7％,容易误诊为肿瘤复发或转移,导致漏诊[1-3].随着诊断技术的不断提高,MPMN发病有增多趋势.MPMN多数报道为双原发恶性肿瘤且以消化道多原发肿瘤多见[4].本研究报道1例肺、胰腺和乳腺多原发肿瘤并伴随各自不同部位转移,为临床治疗提供参考.
目的 探讨环指蛋白168(RNF168)和信号转导与转录激活因子1(STAT1)蛋白在食管鳞状细胞癌(ESCC)组织中的表达及预后观察.方法 收集2014-02-01-2015-12-30新乡医学院第一附属医院216例ESCC和56例癌旁(≥5 cm)正常石蜡包埋组织,采用免疫组织化学法检测RNF168和STAT1在ESCC及癌旁组织中表达水平,将2种蛋白表达依据阳性细胞百分比评分与染色强度评分相乘得到总分划分为阴性表达组、阳性表达组、低表达组和高表达组.2种蛋白表达与ESCC患者临床病理特征关联性采用χ