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流域农业生态经济安全系指满足流域生态经济可持续发展的一种态势，包含了3个层次的内容，具有3个重要特征。依据黄土丘陵区流域发展现状，农业生态经济安全状况可以划分为4个等级：安全、亚安全、不安全、极端不安全，大部分流域处于亚安全或不安全态势；以纸坊沟流域为例，分析了系统在亚安全态势下的具体表现。针对系统亚安全或不安全态势下的主要问题，提出了对策建议：发展商品型生态农业，强化产业与资源的耦合关系；调整产业结构，促进产业优化升级；建立流域农业生态经济安全预警系统．及时调整系统外物、能输入。