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以河南地区典型的冬小麦-夏玉米两熟制农田土壤为研究对象，避开传统的纯培养方法，采用PCR-DGGE方法，分析了小麦四个生育时期以及玉米四个生育期三个不同土壤深度的细菌群落变化。在实验中，首先比较了三种基于不同裂解原理的土壤DNA提取方法，发现以化学法和酶法结合使用的提取方法提取效率最高，且产量和质量最好，从而为后期实验提供良好的DNA模板。然后对目的基因的PCR扩增方法进行了优化，由于采用特殊的带有“GC夹板”结构的引物，所以分别采用常规PCR及降落式PCR对16SrDNA V3区进行扩增，结果显示，降落式PCR方法在扩增中具有明显优势，不但提高了对目的产物扩增的特异性，同时也使产量得以提高。通过DGGE电泳对目的基因进行分离，分析了小麦在苗期、拔节期、扬花期以及收获后四时期不同深度，以及玉米苗期、抽雄期、灌浆期以及收获后不同深度土壤细菌的变化。结果发现，小麦和玉米不同时期各个土层深度的细菌组成极其丰富，相互之间的相似性较低，而多样性较高，说明该类型农田土壤中细菌随着农作物的生长和土层深度层次的变化而不断地变化，与其生长互利的细菌不断出现，得以增殖，而其他细菌则减少或消失。整体来说，细菌群落随着小麦和玉米的生长发育期的变化要大于相同时期不同深度，这说明在冬小麦-夏玉米种植模式的农田中，细菌的变化受植被生长的影响较大，而土层深度对细菌群落组成的影响相对较小。