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本文着重从理论和实践两方面研究生物分子在周期性纳米有序结构的分离和输运情况。采用COMSOL多物理耦合软件中的粒子追踪和稀物质传递模块耦合流场和电场，分别从微观和宏观上了解多种生物分子的运动和分离过程。实验材料制备方面:首先采用多种方法对周期性纳米有序结构进行研究。利用毛细管力在楔形槽和毛细管内制备周期性有序孔洞结构。通过低浓度单分散性好的聚苯乙烯微球或二氧化硅球在楔形槽和毛细管内形成有序胶体模版。填入前驱体溶液后，再利用烧结或溶剂溶解法除去微球模版，形成有序孔洞结构。利用软刻蚀技术制备微图案，再利用PDMS覆盖转移得到图案。在图案通道内紧密排布低浓度单分散性好的聚苯乙烯微球或二氧化硅球，得到有序胶体模板。利用扫描电子显微镜观察胶体晶体的表面形貌，光学显微镜和荧光显微镜结合观察生物分子分离情况，对生物分子的分离与输运性质的研究。力争达到免染色高效的生物分离。使有序孔洞结构在生物分子分离方面有较好的应用前景。