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一直以来，机构改革始终是行政管理体制改革的一个重要内容。从全能政府时期以产品、行业为划分标准的机构设置原则，到1988年提出的职能原则，我国机构设置理念发生根本性的改变，机构改革取得显著成效，但机构设置中存在的一些历史弊病仍未革除。行政体系运行缺乏规范化、程序化，各部门自身功能定位不明确，部门内设机构的设计依然延续了全能政府时期的按产品、行业设置的风格，机构运行效率低下，运行程序混乱，严重不适应现代社会的要求。此时，人们意识到，职能原则亦有自身的边界条件，并不是“普适原则”，它对我国机构设置中存在的一些历史积弊根本无能无力。必须调整改革思路，在职能原则中引入功能理念，重塑政府内部各功能部分，实现功能的高度分化，从而实现行政机构的良性运行。 本文通过对建国后历次中央行政机构改革背景、指导原则、过程及成果的细致梳理，分析了我国各阶段机构设置的原则及其与当时机构改革任务的匹配程度，论述了功能原则对当前我国机构改革的重要意义。本文第一章指出了本文选题的背景及研究意义，在梳理前人理论研究的基础上，提出本文的分析方法和研究框架以及创新与不足之处。文章的第二章指出了全能政府时期政府角色定位的特点，通过对该时期机构设置原则及两次机构改革历程的分析，指出全能政府时期机构设置遗留的两大历史弊端。第三章通过对改革开放以后历次机构改革的叙述及评价，指出职能原则的历史意义及改革遗留的问题。文章的第四章首先对职能和功能两个概念进行辨析，然后分析职能原则与功能原则的运行逻辑以及各自发挥效用的边界条件，提出本文的中心论点，即我国政府机构设置应在职能原则中引入功能分化的理念，从横纵两方面综合着手，加强对内部机构的功能建设。本文的第五章通过对相关政策文本、大部制改革以及深圳“三分制”改革的介绍，着重评价了我国机构改革实践中对功能分化的认识与探索。