【摘 要】
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该文描述了利用生物信息学构建了一套DNA序列分析系统,并将该系统成功应用于中国1﹪人类基因组计划及海洋生物功能基因组的项目中.该系统适合于大规模DNA测序分析.可以对测序过
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该文描述了利用生物信息学构建了一套DNA序列分析系统,并将该系统成功应用于中国1﹪人类基因组计划及海洋生物功能基因组的项目中.该系统适合于大规模DNA测序分析.可以对测序过程进行质量监控,降低成本,防止浪费.可以自动完成从测序峰图文件到FASTA格式的文件转换,去除载体和引物.利用其中的Finishing软件包可以对基因组序列进行拼接并进行Finishing的相关工作.该软件包集成了在1﹪人类基因组工作中的宝贵经验和各种相关的软件,具有大规模数据处理的能力及友好的用户界面.该系统还包括了一系列对基因组进行注释的软件包:包包:GC含量统计,EST分布统计,重复序列(Repeats)分布统计,CpG岛分布统计,基因预测,STS,SNP分布统计等.该系统利用Stackpack软件包对cDNA序列进行聚类,得到非冗余的基因和基因的多种剪切模式.对cDNA序列和相应的蛋白序列也可进行一系列的功能注释,包括完整开放读骊框的着定,在公共数据库的搜索同源基因,cSNP,Motif的寻找,分子进化的研究,酶切位点及二级结构的预测等.该系统包括硬件,软件,数据库,使用界面4部分.硬件平台主要为一台SGIOrigin2400,操作系统为IRIX6.5,WEB服务器采用Apache系统.利用免费、高效的MySQL作为数据库系统,采用Perl, JAVAt C++作为软件和WEB界面的开发工具.该系统包括了许多国际上广泛使用的算法,工具和软件,基于WEB的衅形化使用界面.
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