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本研究采用FIASCO(Fast Isolation by AFLP Sequences Containing repeats)法开发水杉(Metasequoia glyptostroboides Hu et Cheng)微卫星标记，并根据测序得到的水杉微卫星序列总共设计出69对水杉微卫星引物。选择其中21对引物序列合成PCR扩增引物，以利川市水杉母树以及武汉各高校（中国地质大学、武汉大学、湖北大学以及武汉植物园等）校园里的栽培水杉共17个随机选择的水杉个体为试验材料进行遗传多样性分析。实验结果如下:
1、本研究采用FIASCO法首次成功构建水杉基因组(CAA)n、(GATA)n微卫星富集文库。随机挑取其中156个克隆进行测序，113个含有微卫星序列，总阳性克隆率为72.4％;(CAA)n、(GATA)n微卫星富集文库的阳性克隆率分别为78.7％和35.3％。成功设计了69对水杉微卫星引物，随机合成其中21对引物进行PCR扩增，筛选获得7对多态性微卫星标记，表明FIASCO法能有效提高筛选微卫星标记的效率。
2、利用自行分离的水杉微卫星序列设计并合成21对微卫星引物，对17个随机选择的水杉个体进行遗传多样性分析。UPGMA聚类分析表明，利川市与湖北大学水杉种群之间亲缘关系最近，可归属于第1类，中国地质大学和武汉植物园的水杉种群为第2类，武汉大学的水杉种群为第3类。采用软件NTSYSpc Version2.10e计算遗传距离和遗传相似系数，不同种群间的遗传相似系数为0.6010～1.0000之间，遗传距离为0～4.0547之间;结果表明该5个种群之间有一定的遗传差异。
综上所述，本研究开发的水杉微卫星标记可以用于水杉的系统发育以及进化研究、遗传多样性分析和构建遗传连锁图谱，并将为其基因组作图与数量性状位点基因的定位(QTL)以及种质资源的保存与利用等研究提供候选微卫星标记。