【摘 要】
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在生命科学领域,随着生物信息学的迅猛发展,从形态和生理层面向更本质的蛋白质组和基因组层面的研究是大势所趋,在基因组和蛋白质组的研究基础上来指导传统生命科学的研究和
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在生命科学领域,随着生物信息学的迅猛发展,从形态和生理层面向更本质的蛋白质组和基因组层面的研究是大势所趋,在基因组和蛋白质组的研究基础上来指导传统生命科学的研究和发展是符合科学发展规律的.流感嗜血杆菌Rd型是第一个被测序的细菌,其基因组大小为1,830,138 bp,TIGR确认了1,473个具有重要功能的基因.流感嗜血杆菌Rd株为非致病型有荚膜实验菌株,虽然其基因组测序已经完成却检测不出毒力基因;流感嗜血杆菌b型为致病型有荚膜菌株,其基因组序列中包含使红血球凝聚的菌毛基因hifA、B、C、D、E等;流感嗜血杆菌LKP菌株为致病型无荚膜菌株.因此,对于流感嗜血杆菌菌毛毒力基因序列的研究,必将对寻找疾病相关基因和抗原基因,筛选药物作用靶位,研制特异的诊断试剂、药物和疫苗,以及研究Hi的起源和进化均具有十分重要的科学意义.该文利用当前世界上广泛使用的生物信息学软件对三种流感嗜血杆菌菌株的菌毛毒力基因进行多方面的深入研究,目的是比对分析Hi的b型与LKP菌株中的hifA、B、C、D、E,Hib中HibY1、Y2、Y3、Hib-PepN/PurE与HifRd的核酸序列和蛋白质序列的差异及其序列特征,蛋白质结构位点和功能结构域的同异,从而探究b型和LKP型菌毛基因致病性有关的基因组学和蛋白质组学的理论基础;利用分析软件构建其系统发育树,从三种菌毛基因簇为切入点,分析流感嗜血杆菌的起源和进化.经分析,该文初步阐明了Hib-PepN/PurE与hif-Rd-PepN/PurE,以及hib-hifA/B/C/D/E与hif-LKP-hifA/B/C/D/E的同源性.并初步确定了位于hib-hifY上的一段24bp片断为特征片断,推断其可能是由遗传复制的错误所致.同时,文中利用统计学方法对数据分析中所使用的生物信息学软件进行了测评,测评依据是标准差(STDEV)、变异系数(CV)和相关系数(CC)的计算数据.通过对多种软件的准确性、灵敏度、计算内容以及运算速度等方面进行横向的比较和分析,结果表明BioEdit、DNASTAR和DNAMAN在综合测评中占优.
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