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本文研究的目标是制度因素在聚集经济进化发展中的作用问题，论文分为制度因素作用于聚集经济形成和发展的理论探讨和实证研究两部分的内容。根据研究的目标，本文行文的思路是以进化经济学、制度经济学和经济地理学等交叉学科构建了理论研究的基本框架，以计量经济学和运筹学为实证研究方法，最终完成全文的研究工作。
本文一共分为七个部分：
第一章，文章的绪论，主要对当前经济聚集发展的趋势和制度在经济增长中的作用进行了相应的阐述，总结了相关研究工作的进展，并基于现有研究的不足提出了本文研究的目标和架构。
第二章，以进化经济学和经济地理学为理论框架，结合国内外相关研究动态，研究聚集经济形成和发展的空间结构和空间组织，以及聚集经济进化发展的一般路径，揭示聚集经济形成和发展的一般规律和进化机理；分析聚集经济进化发展的动力主体和行为土体，明晰聚集经济形成和发展的动力机制和行为机制。
第三章，根据制度经济学和进化经济学理论，研究制度因素作用于聚集经济的理论基础，根据“双重遗传理论”重点分析制度的双重遗传属性对于聚集经济形成和发展的促进作用，最后基于中国聚集经济形成和发展的实际情况，以制度为核心探讨制度与劳动力、资本和技术的协同进化过程。
第四章，基于结构方程理论与其实证模型对制度因素在聚集经济进化发展中的作用进行测算，从理论研究与实证研究相结合的角度验证经济体制转型和制度变迁对聚集经济发展的促进作用。
第五章，运用运筹学的理论与模型，实证分析制度因素促进生产要素区域聚集的效率问题，分区域评价制度因素在生产要素区域聚集中的作用，支持理论研究的重要结论。
第六章，根据产业地理集中的理论研究方法，考虑到我国经济体制转轨的制度变化对我国主导产业地理格局分布的影响，通过构建产业地理集中的经济模型，从研判我国主导产业整体发展趋势入手，从产业层面和区域层面对制度与产业地理集中的区域差异进行实证分析。
第七章，总结与展望，对全文的结论做了简明扼要的总结，提出了论文改进的思路，以及进一步研究的展望。
主要结论包括：区域社会经济发展的一般规律和城市空间结构的演变共同决定了聚集经济在聚集和扩散两种机制作用下的空间进化的路径，具体表现为：低水平均衡--单中心结构，聚集(二元)--中心腹地结构，扩散(多元)--枢纽网络结构，以及高水平均衡--区域空间一体化结构，在空间上呈现出大范围扩散、小范围聚集的特征。聚集经济的空间进化是聚集与扩散两种力量相互作用的结果，构成聚集和扩散力鼙的动力主体是时代背景、技术进步、以及制度变迁，而政府、企业和个体是聚集经济空间进化的行为主体。
制度变迁本质上是一种更有效益制度的产生过程，我国制度变迁可以划分为农村经济制度变迁、城市经济体制变迁、产权制度创新和确立市场经济体制以及完善市场经济体制的全面制度创新四个阶段。
聚集经济作为经济体制转型的产物，制度因素在其形成和发展中政治经济制度作用的核心体现可以归结为政府作用于经济体制转型和其自身职能转犁的问题，文化制度因素作用主要体现为，制度通过与劳动力、资本和技术等生产要素的协同进化，从而作用于聚集经济形成和发展的管治过程。
基于结构方程模型测算制度因素在聚集经济中的作用的结果表明，我国服务于社会经济发展的体制改革的制度变迁极大地解放了生产力，体制转型和制度变迁的经济效果是卓有成效的。制度变迁的双重遗传作用对聚集经济具有强有力的促进作用，但制度变迁的文化制度的作用要远远大于政治经济制度的作用。
基于DEA方法评价制度因素促进劳动、资本和技术等生产要素区域聚集的利用效率的实证研究结果表明，我国制度因素促进生产要素聚集的有效性在逐年提高，制度因素作用于现实生产力、作用于区域经济增长的功能在增大；以改革开放为变迁主线的制度因素仍将继续发挥将生产要素向现实生产力转化的动力作用。
我国主导产业在区域聚集上不存在本地化经济效应，但代表区域产业多元化的城市化经济效应显著存在，反映出当前我国主导产业是以关联产业聚集为主，而非单一产业的聚集，区域聚集的动力在于产业多元化的溢出效应。从我国主导产业地理集中和分散的空间转化趋势来看，整体上产业地理扩散的趋势要显著于地理集中趋势。制度因素的作用因产业特性的差异而有所差别，但整体上制度对主导产业区域聚集具有积极的促进作用。