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股票市场、基金市场和国债市场一直是中国证券市场的投资热点，它们的波动性的研究也一直是学术界研究的热点。文章以2003年1月2日至2009年1月23日、2003年1月2日至2007年10月16日和2007年10月17日至2009年1月23日三个时期的上证综合指数、上证基金指数和上证国债指数为研究对象，通过ADF单位根检验、Johansen协整检验、Engle-Granger两步法和Granger因果关系检验，考察中国股票市场、基金市场和国债市场在证券市场处于无固定趋势期、平稳上升期和急速下滑期时的长期均衡关系及波动影响关系。对上述问题的研究对于了解中国股票市场、基金市场和国债市场的运行特征，把握其波动规律，对政府监管部门、学术界和投资者均具有重要的理论意义和现实意义。通过本文的研究，得到基本结论如下：
(一)证券市场处于无固定趋势时期时，上证综合指数、上证基金指数、上证国债指数存在着长期均衡关系，上证综合指数的波动与上证基金指数的波动会相互反映出来。对于该期三指数两两间的协整性进行分析，Engle-Granger两步法得出结论是它们两两间都不具有协整关系；与之不同的是Johansen协整检验认为上证综合指数与上证基金指数有一个协整关系，在此基础上的Granger因果关系检验说明上证综合指数的波动和上证基金指数的波动会相互影响。
(二)证券市场处于平稳上升期时，上证综合指数、上证基金指数、上证国债指数存在着比证券市场处于无固定趋势时更为紧密，更为稳定的长期均衡关系，上证综合指数的波动是先于上证基金指数的波动的。对于该期三指数两两间的协整性进行分析，Engle-Granger两步法认为上证综合指数和上证基金指数具有协整关系，Granger因果关系检验结果表明它们的波动会相互反映出来，其它两对不具有协整关系，不存在长期均衡关系；与之不同的是Johansen协整检验得出结论：上证综合指数与上证国债指数有一个协整关系，在此基础上的Granger因果关系检验认为它们之间不存在明显的关联关系；上证基金指数与上证国债指数有一个协整关系，在此基础上的Granger因果关系检验认为它们两两之间并不存在明显的关联关系。
(三)证券市场处于急速下滑期时，上证综合指数、上证基金指数、上证国债指数间不存在协整关系。对于该期三指数两两间的协整性进行分析，Engle-Granger两步法认为它们两两间不具有协整关系；与之不同的是Johansen协整检验得出结论：上证综合指数与上证基金指数之间具有协整关系，但它们之间不存在Granger因果关系，不存在明显的相互影响。