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本研究以我省12个地方鸡种(瑶山鸡、黔东南小香鸡、高脚鸡、黔东南小香乌骨鸡、麻羽乌蒙乌骨鸡、竹乡鸡、威宁鸡、乌蒙鸡、竹乡乌骨鸡、黑羽乌蒙乌骨鸡、兴义本地鸡、矮脚鸡)及一个引进鸡种(隐性白洛克)为研究对象,利用7个微卫星标记对上述鸡种的等位基因、基因杂合度、平均基因杂合度、多态信息含量、平均多态信息含量及群体间遗传距离进行了分析,从分子水平上揭示上述鸡种的遗传差异和亲缘关系,并将省内鸡种和引进鸡种进行了比较,结果表明:1.7个微卫星位点多态性丰富,在13个种群共540个个体上共检测出44个等位基因,基因频率介于0.0122~0.7361之间,13个种群在7个微卫星位点上的基因频率存在差异,且省内鸡种每个种群在每个位点上获得的平均等位基因数与对照品种相比较,差异极显著(P<0.01).2.13个种群在各位点的杂合度在0.3527~0.8095之间,平均杂合度最高的种群为瑶山鸡(0.7145),最低为隐性白洛克(0.5611).省内各鸡种在各位点的平均杂合度与隐性白洛克均数差异显著性检验表明,二者差异显著(P<0.05)或极显著(P<0.01).3.13个种群在各位点的多态信息含量(PIC)在0.1039~0.7823之间,平均PIC值与平均杂合度在各种群中的变化规律基本一致.4.结合等位基因数、平均多态性信息含量及群体平均杂合度三个指标,13个种群的遗传变异程度从大到小依次为:瑶山鸡、黔东南小香鸡、高脚鸡、黔东南小香乌骨鸡、麻羽乌蒙乌骨鸡、竹乡鸡、威宁鸡、乌蒙鸡、竹乡乌骨鸡、黑羽乌蒙乌骨鸡、兴义本地鸡、矮脚鸡、隐性白洛克.5.根据上述13个种群在各位点上的基因频率,分别计算出各种群间的ROGER距离和Nei氏(1983)距离,并绘制出UPGMA聚类图.根据两种遗传距离绘制的聚类图都将上述13个种群分为两大类群,省内鸡种为一个类群,引入鸡种为一个类群,但在省内鸡种的具体聚类上,两种聚类方法存在一定差异.根据NEI氏遗传距离作出13个种群的系统分化树清楚地表明,上述贵州地方鸡种具有共同的来源.6.本研究表明,作为一种有效的分子遗传标记,微卫星来可用来对品种内和品种间的遗传变异进行分析研究.通过本研究我们掌握了关于微卫星标记的一整套技术体系,研究结果可为今后我省地方鸡种的保护、开发和利用提供有价值的参考依据和技术支持.