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目前，建立生态补偿机制正成为国内社会各界的热点问题，然而理论研究中对生态补偿的概念、内涵、补偿标准、补偿方式、补偿资金来源等核心问题尚不清晰，这使得生态补偿难以纳入社会经济发展综合决策之中。生态系统服务的研究是近年来生态学和生态经济学研究的热点，国际和国内学者对其价值评估进行了大量研究和探讨，形成了较为系统的理论和方法。而生态系统服务与人类福祉的研究为真正将生态系统服务与生态补偿结合提供了可能。
本论文主要是以生态系统服务研究为基础，针对生态补偿的主客体界定、补偿标准确定、补偿资金来源等关键性科学问题进行理论分析，并在大量调查的基础上对锡林郭勒草原生态补偿进行了具体研究，主要分为如下几个方面：
(1)在系统梳理生态系统服务与生态补偿研究与实践进展的基础上，提出了基于生态系统服务进行生态补偿的一般思路，即：以生态系统服务为中心，通过对生态系统服务供给和需求的科学分析，界定生态补偿的主客体、生态补偿标准和资金来源等核心问题，将生态目标和经济手段完整结合，实现生态系统服务的可持续利用。
(2)在生态系统服务流动分析的基础上，对锡林郭勒草原生态补偿的主客体进行了界定。通过分析肉类产品的区域流动和伴随的“虚拟草原”流动情况、游客的区域分布情况，结合不同生态系统服务类型在不同尺度上的受益对象，确定了锡林郭勒草原地区的生态补偿主体是国家、受益区域、草原相关企业、旅游业、社会公众。通过对锡林郭勒草原地区生态恢复和保护措施特征的分析，确定锡林郭勒地区的牧民作为生态补偿的客体。
(3)在生态系统服务效益评估、生态保护外部成本分析的基础上，结合被补偿者的受偿意愿，确定了锡林郭勒草原休牧措施的生态补偿标准。其中锡林浩特地区草原休牧措施的补偿标准为户均补偿1.9234万元，可以保证有效遏制草原生态系统的退化，同时能在一定程度上使草原生态系统得到恢复，能在弥补休牧措施增加的建设成本、机会成本的同时，使牧民达到人均3000元的发展需求，体现当地牧民的受偿意愿。同时根据主要牧业旗县的受偿意愿，最终得到锡林郭勒草原地区各牧业旗县牧户的补偿标准。
(4)通过不同补偿主体的支付意愿，结合理论补偿份额，提出了锡林郭勒草原地区生态补偿资金的来源及数量。不同补偿主体补偿资金的理论份额及支付意愿对锡林郭勒地区生态补偿资金的现实来源进行推算，国家提供资金6亿元，当地政府与旅游业提供1.8亿元，京津唐地区提供1.2亿元，山东地区、上海地区各提供0.45亿元，其他沿海及周边省区共提供0.9亿元，社会公众提供1.2亿元，其他来源提供0.4亿元。
(5)利用情景分析方法，具体分析了锡林郭勒草原生态补偿的实施效果，提出了实施生态补偿的保障措施。在不进行生态补偿的情景下，草原出现急剧退化的趋势，出现大量生态难民。在进行现有的生态补偿情景下，对草原恢复起到重要作用，但是牧民承担大部分生态保护外部成本，最终将影响草原恢复效果，并影响该地区的安定团结。在足额的生态补偿情景下，一方面可以弥补牧民相应的损失，另一方面可以促进牧民参与生态保护的积极性和主动性，减少管理成本，加快退化草原恢复的速度。