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棘腹蛙在其四川盆地西部区域，存在染色体相互易位多态现象，这在动物类群、尤其在脊椎动物中极为罕见。相关染色体重排是否引起群体遗传分化、进而导致新物种形成，是进化生物学领域长期以来最为经典的争议话题之一。尤其近年来，随着分子生物学技术的飞速发展，基于基因组及相关海量信息便利获取，掀起了该话题的又一轮热潮。已有的研究多以倒位和融合重排为题材，未涉及到易位重排对群体分化的作用。本研究以棘腹蛙易位多态为素材，从崭新侧面探讨重排对遗传分化影响，可为相关假说提供必要的补遗和修订。 棘腹蛙核型多态在种群中分布有几个特点:1）有五种类型的核型多态，包括一种正常核型和四种异型核型;2）易位杂合子之间或易位杂合子与正常个体之间杂交可以产生多种异型;3）有易位重排（有异型）个体和无易位重排（无异型）个体的种群呈现不间断分布。 针对染色体重排与群体分化领域存在的争议，本研究将着重探讨两个问题:1)染色体重排是否对遗传分化产生影响？2）染色体重排是如何在种群中扩散？针对这些问题，本研究选用了微卫星和线粒体C0I基因两种分子标记，结合每个个体的核型信息，研究种群的遗传结构和种群历史动态。研究的样本包括整个分布区，并重点集中在四川盆地西部染色体重排的地区。采集样本涉31个种群647号个体。其中，微卫星分析的样本包括来自28个种群的638号个体，线粒体基因分析样本包括21个种群的189号个体。研究的主要结果如下: 1.重头筛选棘腹蛙微卫星四碱基位点11个。采用磁珠富集法重头筛选的方式，获得了有多态性的微卫星位点11个，且这些标记中的9个符合哈温平衡。微卫星位点等位基因的数目从14到52个不等，观测杂合度变化范围为0.4279到0.8446，而期望杂合度范围为0.6078到0.9386。经MICROCHECKER检测，发现QBb025位点在近半种群中有无效等位基因，故后续分析采用8个位点进行计算。 2.染色体重排对种群遗传分化有显著影响。种群间的遗传分化系数显著，并且重排种群组和非重排种群组之间的AMOVA分析显示其差异显著。在含有重排个体多的高堂寺种群，与其他无重排的种群之间FsT差异相对较大，暗示了染色体重排在其中起了一定的分化作用。Mantel test分析显示，遗传距离与地理距离之间相关性不显著。 3.支持重排个体的单系起源。基于Structure分析的种群支系重建，反映出了重排个体属于一个支系。这一结果支持了重排的单系起源，也明确支持了染色体重排对遗传结构的影响。这一支系包括了所有有重排的个体，还包括少量核型正常的个体。这一结果与易位杂合子杂交时，子代核型出现情况的理论推测相吻合。本研究与前人在倒位和融合重排案例发现有所不同，微卫星Structure可清晰反映易位棘腹蛙重排个体的家系。表明该方法在涉染色体重排杂交带(Hybridzone)的研究中，可以清楚的鉴别杂交个体（杂合子）所属家系来源，具有重要的价值。 4.线粒体C0I未能反映染色体的重排的信息。COI序列的长度为626bp，变异位点为55个，有21个单倍型。西部区域的COI的单倍型多态性极低，有重排和无重排的个体共享了两个单倍型，未能体现重排个体与非重排之间的差异。这可能是由于染色体变异速度快于线粒体基因能检测的尺度，或者是由于线粒体自身母系遗传的特点，存在杂交，未能体现遗传差异。 5.不支持染色体重排扩散是种群动态波动的副产品的假设。微卫星数据和线粒体数据都显示棘腹蛙未经历快速扩张或近期的瓶颈效应，种群整体保持相对稳定。支持了之前棘腹蛙种群动态相关研究，并与更新世以来中国南部山区保持了相对稳定的气候特征相吻合。研究结果与倒位、融合重排经典案例中发现的染色体重排扩散是“种群波动副产品”不同。 6.重排自身的特点引起了重排个体的扩散并形成稳态，其重排扩散更有可能是“重排受到选择”所致。扩散因素可能包括本地适应，或减数分裂驱动或漂变。目前的数据尚无法准确推断主导因素是什么及其作用机制。根据棘腹蛙易位杂合子的高频率及种群分布连续性，推测本地适应对扩散和形成稳态可能具有重要作用。稳态重排格局极为罕见，本研究从崭新的视角为染色体重排扩散机制提供了修正。