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环境审计是重要的企业环境管理手段，通过对企业的环境绩效进行系统的评价和鉴证等手段，确认或解除企业的环境责任。当前开展的企业环境审计技术方法存在不足，审计主体不符合环境审计的要求，审计内容局限于审查环保资金拨付使用的合法性，环境成本效益没有得到考虑和准确计算，所以已经不能满足现代环境管理的要求。同时，对环境审计已经开展的研究基本是描述性、回顾性及经验性的，几乎没有分析性研究。环境管理体系(EMS)是一系列环境管理政策、组织和措施组成的统一体系，本文分析了EMS组织结构、文件记录和内部审计成果等要素可以为企业环境审计提供的支持，突破传统环境审计的局限，以持续改进和全过程控制为指导思想，首创性地提出了基于EMS企业环境审计的程序和方法。
基于EMS企业环境审计的实务流程包括审计准备阶段、审计实施阶段、审计报告阶段和后续审计阶段，整个过程体现了环境问题的特殊性以及环境审计与EMS的结合，是对传统审计程序的继承和创新；基于EMS企业环境审计的技术流程包括取得企业EMS文件记录，评价企业环境保护内部控制，分析企业资源利用效率和主要污染物及其污染源，估算企业生产过程中引发的环境成本和收益，得出企业环境审计结论并提出改善建议。本文通过对长江三角洲一家皮革生产公司进行环境审计的案例剖析，详细阐述了开展基于EMS企业环境审计的程序和方法。
开展区域层次的环境管理工作，可以借鉴基于EMS企业环境审计的成功经验。本文探讨了区域环境管理体系的建设原则和内容，并以工业废水污染防治体系为例，详细地分析了我国工业废水污染防治法律体系的建设情况，防治目标的制定，防治措施的设计、实施和防治效果，以阐述对区域环境管理体系进行审计的方法。
我国开展基于EMS企业环境审计已经具备了一定的客观条件。本文通过分析指出，比较完善的环境保护法律体系，EMS在企业中的广泛建立，以及环境问题得到全社会的关注，都为我国开展基于EMS企业环境审计提供了基础。但是，基于EMS企业环境审计要得到广泛开展，还需要环境审计法律体系和准则的完善、环境会计和环境报告制度的建立、企业对审计人员的协调配合、审计队伍的建设以及政府审计部门对企业环境审计的重视等条件的支持。
本文的创新之处：
(1)首次在企业环境审计中借助EMS的有利因素，提出了基于EMS开展企业环境审计的程序和方法，将企业环境审计研究内容从单纯的基金审查推进到以持续改进和全过程控制为指导思想的环境效益审查；
(2)在企业环境绩效审计中运用环境影响评价和环境经济学的方法，定性和定量相结合审查企业生产经营引发的环境成本(效益)，一定程度上弥补了现有方法的不足；
(3)将基于EMS企业环境审计方法运用于区域环境管理工作中，并结合实证研究提出了区域环境管理体系的建设原则和审计方法。