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医疗机构是医疗服务体系的基本单位，肩负着效率、公益、公共责任、伦理道德、创新发展等多种社会使命。因此，公立医疗机构运行机制的改革成为公认的难点。本文从财务规律的角度剖析公立医疗机构运营的内在机理，期望能为我国医疗服务行业的发展提供有价值的参考观点，为医改方案的贯彻实施提出有针对性的具体建议以供决策考虑。
本文以财务理论为基础展开规范性研究。在探究财务管理和财务治理的概念、财务管理学发展历程的基础上，笔者认为财务治理是财务管理实践和理论发展的产物，提出了涵括这两个概念的财务管理模式概念，用以描述人们对经济组织进行财务干预的总体情况。论文从研究医疗服务的基本属性出发，引用非营利组织基础理论和微观经济学的公共物品理论，论证了公立医疗机构可采用的组织形式。然后结合财务管理模式的概念框架，以定性分析的方法演绎推论出公立医疗机构的理想财务管理模式。另一方面，本文运用制度研究和文献研究等社会研究方法，归纳总结我国当前公立医疗机构财务管理领域存在的问题，以财务管理模式的视角进行分析，并深入探究体制原因。
非营利性和非政府性是非营利组织（狭义）最本质的两个特征。我国的国有事业单位属于广义的非营利组织，其中符合狭义非营利组织特征的本文称为“国有非营利组织”，其余的本文称为“国营非营利组织”。根据公共物品理论，从产品本身的自然属性角度分析，医疗服务应属于私人物品。根据马斯格雷夫的理论，医疗服务“对消费者有益”，而且仅依靠市场调节会出现“消费不足”，符合有益品(Merit Goods)的定义，应该“通过制定干预个人偏好的政策而提高生产”。根据干预的程度，基本医疗服务可以视为公共物品或准公共物品，非基本医疗服务属于准公共物品或私人物品。属于公共物品的公共卫生和基本医疗服务适合由国营医疗机构提供。同理，对于教学科研骨干医院以及维护国家安全必需的医疗机构也可以采用“国营”的运作方式；营利性医疗机构则适合提供非基本医疗服务；非营利医疗机构是前两类机构特征的融合，既是独立决策、自主经营的经济组织，又以社会公益性为最终目标，适合提供各种医疗服务。
财务治理理论可以看作是经济组织所有权与经营权分离后财务管理理论的发展延伸，本文把经济组织各个财务领域不同的财务管理和治理特征所组成的一个整体的样式称为财务管理模式。财务管理模式按照行为主体划分为财务治理和财务管理两个方面：主要受经济组织日常管理者控制的各种财务干预的方式手段属于财务管理；主要受经济组织日常管理者以外的利益相关者控制的各种财务干预的方式手段属于财务治理。分析表明，国有医疗机构适合采用财务管理与治理平衡的财务管理模式，国营基层医疗机构适合采用财务治理主导的财务管理模式，而国营大型医疗机构则面临财务管理困境。
本文对《医疗机构管理条例》、《医院财务制度》和《医院会计制度》进行了研究，又搜索阅读了期刊全文数据库中有论述公立医疗机构财务管理存在问题的论文42篇，归纳整理出目前公立医疗机构财务管理工作面临的问题。结果表明公立医疗机构财务管理的实际模式存在名义上实行国家预算管理制度、实际上医院管理层掌握较大财务控制权同时又有营利动机的不协调情况，印证了本文关于国营大型医疗机构财务管理困境的观点。本文进一步分析了公立医疗机构组织形式、资金补偿机制和医疗服务行业管理等三方面的体制缺陷。最后，本文在研究理解《关于深化医药卫生体制改革的意见》的基础上提出了对公立医疗机构的政府补助适当与绩效挂钩、通过公共财政资金支持和引导医疗机构间公平竞争，以及鼓励同一医疗机构内投资主体多元化等三项具体政策建议。