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褪黑素(Melatonin，Mel)是光照与生殖系统协调关系中重要的激素信号，它与分布在下丘脑-垂体，性腺轴上的特异性褪黑素受体结合，从各个水平上影响生殖功能，但各受体参与生殖调控的机制目前还不清楚。本研究旨在从分子水平研究鸡MTNR1A基因5，调控区的多态性及验证不同单倍型启动活性的差异。
本实验以寿光鸡、文昌鸡为研究材料，对鸡MTNR1A基因5，调控区进行PCR扩增，用单克隆测序和直接测序的方法分别检测寿光鸡、文昌鸡中存在的SNPs，并将其与产蛋性状进行关联分析，然后对连锁不平衡较强的位点构建单倍型检测其双荧光素酶活性。结果表明:
(1)在寿光鸡的8个SNPs中，-100、-110、-126、-329位点对开产日龄和20～25周龄产蛋数有显著影响，MTNR1A基因作用方式主要为加性效应，显性效应不明显。-100位点TT基因型个体的开产日龄显著早于GG型个体4.5天，20～25周龄产蛋数多2.3枚，等位基因T比G能使鸡提前2.3天开产，20～25周产蛋数增加1.2枚;-110位点对上述两个性状的影响与-100位点完全一致。-126位点CC型个体开产日龄显著早于CT型和TT型个体，等位基因C比T能使鸡的开产日龄提前2.2天，20～25周产蛋数增加1.2枚。-329位点CC型个体开产日龄显著早于AA型个体4.1天，前期产蛋数多2.2枚，等位基因C比A显著提高开产日龄2.1天，20～25周龄产蛋多1.1枚。而-538位点突变仅对开产日龄有影响，TT型个体开产日龄比GG型早3天。各位点对产蛋总数和中期26～45周龄产蛋数、后期46～50周龄产蛋数的均无显著影响;
(2)在文昌鸡的10个SNPs中，-134位点对26～37、38～46及46周总产蛋数有显著影响，-538位点对20～25周产蛋数有显著影响，其他SNPs位点与其产蛋性状不存在显著的关联性。
(3)连锁不平衡分析表明-100、-110、-126三位点有紧密连锁的趋势，在寿光鸡中共构建3种单倍型和6种基因型，与TCG单倍型相比，CTT单倍型可以使母鸡的开产日龄提前2.6d(P＜0.01)，20～25周龄早期产蛋数增加1.4枚;单倍型TTT也有使母鸡开产提前和产蛋数增加的趋势，但并没有达到统计上的显著性。单倍型CTT和TTT间还存在显著的互作效应，使开产日龄推迟和早期产蛋数减少。
(4)-100、-110、-126位点构建三种单倍型，转染到体外培养的鸡卵泡膜细胞中以验证其启动活性的差异。双荧光素酶检测结果表明，CTT启动活性显著高于TTT、TCG。
综上所述，鸡MTNR1A基因5调控区是高度多态的，本研究发现了一些潜在的分子标记，为地方鸡种的遗传改良及褪黑素受体介导生殖功能的分子机制提供数据参考。