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目的：通过比较两个试点县新农合不同行政管理体制下对供方费用控制的运行机制、控制措施、控制力度以及效果，总结和归纳卫生主管和社保主管两种新农合管理体制的运行机制、优势和不足，探讨适合我国国情，有利于新农合健康发展，有利于参合农民受益的管理体制，提出理顺和完善新农合管理体制的建议。
方法：本研究主要采用的方法有文献研究、定性研究和定量研究。定性研究的访谈对象主要有新农合行政主管人员、相关职能部门负责人、经办机构人员、卫生机构责任人以及相关工作人员。定量研究主要对两个试点县新农合管理体制变化前后费用的相关数据进行比较，包括资金筹集和使用情况、不同级别医疗机构工作量和费用变化、个人收益指标、不同病种费用构成。结合定性和定量分析，找出卫生部门主管和社保部门主管两种行政管理体制的优劣，提出建议。
结果：H区新农合管理体制变为分离模式以后，在资金使用方面，出现城镇居民占用农村居民资金的现象，住院人次增长较快，住院率上升趋势明显，住院总费用和次均住院费用增长过快，同时参合居民受益水平增长不明显，Y区新农合管理体制延续全合并模式，能做到专款专用，住院人次、住院率、住院总费用和次均费用增长较为平缓，参合居民受益水平增长较为明显。
结论：卫生部门主管的新农合的费用控制效率、效果和效益优于社保部门主管的体制。卫生部门运用“先天”的行政优势和“后天”的经验积累，能够统筹协调供方和需方管理，能够运用自身的专业优势，有效引导供需双方的行为向着合理的方向发展。