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随着知识经济的到来,高技术革命给人类社会带来了巨大的变化,科技创新能力已经取代自然资源成为国家或地区竞争力的决定性因素。区域创新系统已被视为能很好地增进对区域经济中创新过程理解的概念框架和为创新政策制定提供实证基础的分析框架。区域创新系统的创新能力高低日益成为地区经济能否获取国际竞争优势的决定性因素。因而如何对区域创新系统创新绩效进行科学评价,找出创新过程中存在的诸多问题、提出改进的措施,进而提升创新能力就成为区域创新系统发展过程中一个不可或缺的重要环节。对区域创新系统科学全面的评价可以度量创新的效果,也有利于使整体决策科学化,降低创新风险。关于区域创新系统创新绩效评价已有不少研究,但由于对此绩效评价涉及因素广泛,指标体系的制定还存在缺陷;单一模型在分析问题时还显得不够深入,不能充分说明区域创新系统存在的问题,如何选用模型及其组合以满足实践需要还有待突破。本文主要从理论和方法论上深入探讨了区域创新系统创新绩效的评价问题。论文的主要研究内容及成果归纳如下:首先,在分析了国内外区域创新系统文献的基础上,从国家创新系统理论和现代区域发展理论两个方面,对研究区域创新系统的理论基础进行了深入的分析,同时对区域创新系统内涵、分类、组织结构及其运行机制等理论研究成果进行综述。其次,根据政策导向性和科学性等原则,从投入和产出角度出发,本着突出创新的指标设计思想,构建了一套能较好反映区域创新投入和产出的区域创新系统创新绩效评价指标体系。在科学地构建了评价指标体系的基础上,提出了区域创新系统创新绩效的评价如果仅仅只采用一种方式,评价所得结论存在一定的局限,因此本文在运用DEA方法评价区域创新系统绩效的基础上再利用“基于离差最大化多属性决策方法”展开更进一步的分析,对评价区域进行两次评价。再次,利用数据包络分析这一有力工具建立了一个完整的绩效评价与分析体系。并通过影子价格来分析我国30个省级行政区域(不包括西藏)的创新效率进行了评价,指出各省在投入方面的不足,同时详细分析了各决策单元的综合绩效、技术效率和规模效率;接着再利用“基于离差最大化多属性决策方法”对有效决策单元的创新综合能力进行综合排序。这一分析方法的结合较好解决了单个DEA模型在分析问题时不够深入以及给出的政策建议过于宽泛和含糊的缺点。最后,在结合实证评价结果和论文理论研究的基础上,提出提高区域创新系统效率的对策建议,对构建和完善我国区域创新系统,提高区域创新效率,进而提高区域创新能力,推动区域经济发展,有重要的理论和现实意义。