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长江三角洲地区（以下简称“长三角地区”）是我国综合实力最强的区域，已成为“世界第六大城市群”。当前，随着经济全球化和区域经济一体化的深入发展，亚太区域合作与交流日益密切，长三角地区面临着前所未有的发展机遇；同时，改革开放以来区域生态环境的持续恶化、区域发展的结构性矛盾与国际金融危机的影响互相交织，使得长三角经济增长转型升级面临着严峻的挑战；而环境利益及其背后经济利益分配的不公，环境公平正义的缺失引发的民生问题日益凸显，又严重影响了区域和谐社会的建设。因此，作为解决发展中引发的效率与公平问题较为有效的环境经济管制手段的生态补偿逐渐被提上议事日程并日益受到重视。
文章首先交代了长三角生态补偿机制构建的大背景。回顾了关于国家层面和长三角地方层面开展生态补偿工作的相关文献，对国内和长三角区域生态补偿的理论研究和实践探索作了概括介绍，并对生态补偿的内涵作了界定。
第二部分总结了当前长三角生态补偿机制构建面临的现实困境。从法律政策体系的保障、财政资金的投入和管理、利益相关方的参与以及科研技术的支撑等方面归纳了长三角生态补偿机制构建中存在的问题，以及这些问题对长三角生态补偿机制发挥作用造成的影响。
第三部分分析了长三角生态补偿机制构建中存在问题的成因。以环境利益及其背后经济利益的分配之争、经济发展与环境保护的双重压力、多中心治理体制的缺失和对生态补偿认知的滞后等四方面因素探析了造成了长三角生态补偿问题的成因。
第四部分总体考察了国外生态补偿的成功经验。通过对美国、哥斯达黎加、德国和日本等实施生态服务付费较成功的国家经验做法的介绍，总结了发达国家生态服务付费在保障机制、责任机制、合作机制和参与机制方面的成功经验，指出了对长三角生态补偿机制完善的启示。
最后一部分给出了长三角生态补偿机制构建的整体框架设计，并提出了具体的完善路径。首先从横向和纵向两个维度构建长三角多中心、多层次的生态补偿机制；之后根据前文分析的长三角生态补偿机制存在的问题和原因，结合国外成功经验的借鉴，提出了包括良好的制度保障、充足的资金保证、科学的监控体系和有力的科研支撑在内的完善长三角生态补偿机制的具体路径。