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随着计算化学和计算机技术的发展,越来越多的前、后处理(如可视化、建模、结果分析)软件以及计算化学程序被开发出来。由于互联网的发展,科研环境也开始发生变化。如何将前端的界面软件与后端的计算程序有效的整合起来,构成提供“一站式服务”的应用平台,成为计算化学应用研究的热点之一。
本文在GridMol系统基础上,设计出了高性能计算化学应用系统前端平台的系统结构,该系统具有较高的可扩展性和良好的兼容性。我们将GridMol系统整合到前端平台中,首先按照高内聚、低耦合的原则对GridMol系统进行重构,然后通过调整Java3D场景图的方式优化GridMol系统中蛋白质显示与建模的性能,并在GridMol系统中增加结果后处理如计算结果概要显示、光谱显示与分析、简振振动分析等功能。GridMol系统作为前端平台的一部分提供可视化与建模、结果后处理等功能。在前端平台的作业管理模块,我们设计实现了作业提交工具,作业状态监控工具。这些工具通过网格中间件将高性能计算化学应用系统的前后两端连接起来,为用户提供集前处理、计算、后处理为一体的一站式服务。同时,我们在前端平台还开发了Gaussian计算输入文件生成器等计算辅助工具为用户提供更为便利的服务。
前端平台使用Java实现,以Java Applet的方式部署在Web服务器上,具有跨平台、通过浏览器直接访问的优点。目前,前端平台可以通过以下网址直接访问:http://gridmol.vlcc.cn/scchem.php。