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目的：以系统论的角度，结合疾病预防控制中心(Centers for Disease Controland Prevention，CDC)自身的特殊功能和性质，构建基于组织层面的疾病预防控制机构的绩效评估指标体系和评估方法的开发，为政府部门对CDC的评估提供决策支持，为机构的内部绩效管理和改进提供工具。
方法：在文献研究和现场调查的基础上，综合分析和借鉴平衡计分卡、关键指标法，依据市级和区县级疾病预防控制中心公共职能的界定，初步构建出两套(市级、区县级)指标体系基本框架和原始指标库。采用德尔菲法对指标进行筛选，并采用直接评分法和改进的Saaty’s权重法确定指标权重，最后对指标的信度、效度进行评价。
结果：
1、分别构建了市级和区县级两套疾病预防控制机构组织绩效评估指标体系，其中市级指标体系共有指标59项，其中一级指标4个、二级指标16个、三级指标57个。区县级指标体系共有指标52项，其中一级指标4个、二级指标16个、三级指标52个，并分别确定了指标权重。
2、信度、效度检验：两套评价指标体系整体的绩效评估指标的Cronbachs a值分别为(市级)、0.937(区县级)0.906，P<0.05。
结论：本研究通过对专家咨询结果的可靠性分析、问卷信度、效度的检验，初步产出的两套评价指标体系是比较科学、合理、现实可行的。同时，利用平衡计分卡构建疾病预防控制机构组织绩效评估指标体系，是一个现实可行的方法。