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绩效审计是现代审计的重要标志，也是从传统审计向现代审计转型的重要内容。半个多世纪以来，世界各国特别是市场经济发达的国家进行了广泛深入的绩效审计实践，形成了相对完善的理论体系和实务操作体系。本文在学习借鉴国外绩效审计先进理论和国内研究成果的基础上，形成了我国政府部门预算项目支出绩效审计的基本理论框架。该框架主要包括绩效审计的理论基础、基本概念，主要特点，并着重构建了我国政府部门预算项目支出绩效审计的内容框架、实施程序和方法体系。在实施程序上，着重强调了政府部门预算项目支出绩效审计与其它绩效审计相比还需要增加全面了解被审计单位的内部控制制度和对审计全过程的质量控制。在方法体系上，除了传统的财务审计和一般绩效审计常用的方法外，突出了信息技术的应用和项目管理方法的在部门预算项目支出绩效审计中的运用。 在构建了基本理论体系的基础上，回顾了我国政府绩效审计实务工作的开展情况，针对现阶段我国工作开展的现状，分析了在技术层面、导向层面、成本层面、人员层面、法律法规层面、固有层面、体制层面存在的问题和制约绩效审计开展的困难。在构建了理论体系和分析了实务工作现状的基础上选取了实际工作中的一个案例:我省新型农村医疗专项补助资金绩效审计案例。分析该案例时，运用前面构建的理论体系，重点分析了该案例的主要审计内容、审计方法、绩效评价指标体系的权重和计算方法、项目资金绩效评价结果，以及本审计项目的主要特点和本审计项目有待改进之处。在对案例存在不足之处的分析基础上，针对我国政府绩效审计的实践特点，对进一步构筑科学的政府部门预算资金绩效审计体系进行了积极的探索，有针对性的提出了优化建议。建议的主要内容包括进一步建立科学的政府部门预算项目支出绩效审计指标体系，基于作业链预算的方式有效控制审计成本，优化审计人员结构，提高审计人员素质，全面推动我国政府部门预算项目支出绩效审计实务工作的开展。同时，提出了将风险导向审计引入政府部门预算项目支出绩效审计，完善政府绩效审计权限和法律依据，推动部门预算项目实施单位制定业绩评价标准，调整现行审计部门的组织机构和运行机制。除了从政府绩效审计本身的视角进行完善，还需要外部促进绩效规划、绩效预算和绩效审计相结合，通过政府职能转型带动国家审计角色定位改变，从而推动绩效审计的理论研究和实务工作上台阶上水平。