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2004年“海峡西岸经济区”设想被首次提出，2006年国家“十一五”规划正式提出“支持海峡西岸和其他台商投资相对集中地区的经济发展”，这一区域的发展逐渐受到各级政府的重视。关于海峡西岸经济区的研究领域涉及内涵、功能、产业集群、城市群、循环经济、对外贸易、科技、教育、财政金融等方面，但研究者对海峡西岸经济区的内涵与范围并无统一认识，对其区域经济差异的研究还相对较少，尤其是缺乏对东南沿海三大经济区(长三角、海峡西岸经济区、珠三角经济区)区域经济差异的对比研究。此外，虽然部分学者曾对福建省区域经济差异进行了研究，但多为静态的现状描述，缺乏动态的时间序列对比和时空差异演变机理研究。为了明确海西区区域经济差异的时空演变机理，揭示其区域经济差异的驱动因素，谋求区域经济、社会、生态的协调发展，本文以海峡西岸经济区为研究对象，探讨海峡西岸经济区的区域经济差异及其发展问题，以期对其他地区的区域经济差异问题提供理论支持和实践指导。
本文章节安排如下：
第一章首先提出海峡西岸经济区区域经济差异问题，阐明了论文的研究意义、目的、内容、方法以及主要的研究创新。第二章和第三章回顾了国内外关于区域经济差异以及海峡西岸经济区的相关研究，分析了海西区区域经济差异研究的理论基础。第四章确定了本文研究过程中采用的测算方法。
第五到七章是本文研究的重点。其中，第五章界定海峡西岸经济区的内涵及范围；嗵过海峡西岸经济区与全国经济发展状况，与长三角、珠三角及与台湾省的对比，确定海峡西岸经济区的综合定位；对海峡西岸经济区区域经济差异的总体特征与变迁进行了分析研究，并对威廉姆逊的倒“U”型假说进行了检验。第六章采用加权变异系数和锡尔系数分解方法，对海峡西岸经济区不同层次人均GDP差异进行了分解，理清区域经济差异的构成及来源。第七章运用人均国内生产总值分类法、ESDA法与马尔可夫链法对海峡西岸经济区区域经济差异的时空演变进行探析。
第八章主要从定性与定量两个方面综合探讨影响海峡西岸经济区区域经济差异的可能因素。第九章在前文研究的基础上，针对区域经济协调发展提出对策建议。第十章主要对全文研究进行总结展望。
通过研究，本文主要得出以下结论：
(1)1992～1999年海西区GDP与人均GDP年增长速度高于全国平均水平，1999～2005年则低于全国平均水平；在GDP规模、人均GDP与区位商、资本集聚能力、对外贸易等方面海西区与长三角、珠三角还存在较大差距；海西区与台湾省还存在差距；海西区区域非均衡发展特征显著，4大区中的福建地区、3大带中的沿海集聚区处于优势地位。
(2)基于人均GDP层面的区域经济差异也较突出。人均GDP绝对差异大略呈扩大趋势，相对差异方面，3大带1992～2000年左右为增大趋势，2000年左右～2005年为减小趋势，4大区、20地市和152县市1992～2004年左右呈增大趋势，2004年左右～2005年为减小趋势。海西区有倒“U”型格局存在的趋势，至少1992年至2005海西区经济增长与区域经济差异之间的关系符合威廉姆逊倒“U”曲线顶点左侧的关系并有缩小趋势。
(3)从三次产业对区域差异的贡献率来看，第一产业发展差异的缩小或扩大对海峡西岸经济区人均GDP相对差异的变化所起作用甚微；第二产业由于其区域差异和产值比重均较大，故对海峡西岸经济区总体区域经济差异的贡献较大；第三产业的贡献率大致在21.72％左右，其变动恰好呈现与第二产业相反的趋势。从4大区(福建地区、广东地区、浙江地区、江西地区)来看，除1992年外，1993～2005年4大区地区之间的经济差异是影响海峡西岸经济区人均GDP差异的重要因素；从3大带(沿海集聚区、内陆推进区、周边辐射区)来看，地区内部经济差异与地区之间经济差异呈此起彼伏的格局，沿海集聚区差异比内陆推进区与周边辐射区差异对总体差异的贡献要高；从20地市锡尔系数分解分析可以看出，海峡西岸经济区区域经济差异主要来源于地市之间。
(4)1992～2005年海西区152县市区域经济差异明显，总体呈东南高西北低走势，发达县市主要分布在4大区的福建地区、3大带的沿海集聚区，落后县市主要分布在4大区的江西地区、3大带的周边辐射区。
(5)从ESDA分析来看，海峡西岸经济区县域人均GDP存在正的空间相关特性，经济发展水平相似的地区在空间上集中分布；县域人均GDP具有正的空间关联分布特征，其所呈现的空间依赖性比空间异质性更为明显。1992～2005年间，人均GDP区域经济差异的空间分布的趋异特征日趋明显，周边辐射区、内陆推进区与沿海集聚区的南北两端县域更多表现为低水平的空间趋同分布。
(6)从马尔可夫链分析来看，在整个研究期间，海西区区域经济发展存在“俱乐部趋同”现象，1992～1998年期间的“俱乐部趋同”现象比1998～2005年期间更为显著。海西区区域趋同过程在空间上不独立，区域人均GDP类型转移显著受到区域背景的制约。在循环累积因果机制作用下，海西区区域经济的空间分异格局有可能进一步加剧。