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水资源高效利用以成为当今社会普遍关注的问题。一定区域内的水资源，在一定的时间内总是有限的，水资源的紧缺已成为区域社会经济发展的主要制约因素之一。以可持续发展战略为指导，统一调配水资源及有关资源，并在各区域间及区域内各用水部门间进行科学分配，使水资源的开发利用与经济、社会、生态等协调发展。
本文在总结已有的水资源配置研究成果的基础上，首先对水资源的优化配置的内涵进行阐述，并进行水资源系统构成与特点进行分析。基于对用水的竞争性、水资源时空可调性的认识，遵循水资源可持续利用的原则，以经济效益、社会效益和环境效益等为目标，结合区域内多种水源的约束条件，建立相应的数学模型，采用系统分解协调理论和多目标的遗传算法进行求解，运用一种基于目标排序计算适应度的方法，通过判断每一代个体的优化程度，进行解的优胜劣汰，对研究区域内的水资源系统进行优化，达到优化配置的目的。
与传统方法相比，遗传算法在解决离散型的数学模型中有其自身的特有优势，能够在全局寻找最优结果，受约束条件的限制较小，而使有限水资源达到更高效率利用的目的。同时，还必须要与高新技术，以及先进的流域管理方法结合，解决现有限制水资源综合利用的问题。