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本文通过文献研究与实地调研的方式对我国目前矿产资源开发补偿中存在的各种问题进行了细致的考察，并进行了归纳总结、分析与研究。针对目前机制改革的一些核心问题提出了矿产资源开发补偿改革的若干建议。本文的主要结论和成果有：
第一，分析指出了我国矿产资源开发补偿机制的主要问题，主要有：矿业权制度不完善，税费制度复杂而不合理。国家矿产资源所有者的权益不能有效实现，现有的制度难以有效的促进资源利用效率的提高与矿业技术进步。矿业开发管理权限与收益在各级政府间分配的格局不合理。下级政府获得的收益过少，资源开采地的生态环境遭破坏不能及时治理。资源型城市可持续发展的目标难以实现。
第二，针对我国矿产资源开发中存在的各种问题，经过研究总结，参考了国内外相关问题的实践经验和研究成果，提出了两个具体的机制设计建议：
(1)将国家对资源所有者权益实现的方式施行新老划断。通过招拍挂方式支付矿业权价款获得新矿业权的矿山，不再征收资源所有权类税费。已有矿山则通过征收国家资源权利金的方式实现国家资源所有权。将资源所有权类税费统一合并为国家资源权利金，通过征收国家资源权利金作为国家资源所有权的补偿。
(2)中央政府制定矿业权价款、国家资源权利金在各级政府之间的分配比例。制定各传统税收在各级政府之间的分配比例。中央政府给出确定的分配比例或分配比例的浮动范围，范围不宜过大。