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政府间关系是中国政治过程中的基础性关系之一，它从基本面影响制约中国国家治理、政治过程和政治发展。政府垂直管理制度在中国超大型治理空间、复杂的政府间关系中起着特殊的连接、调谐、平衡、遏制与整合等作用，深深影响与制约政府间关系的发展。在当下的中央选择性再集权过程中，在中央与省级政府层面已有约35个政府机构实行垂直管理。如此大规模实行政府垂直管理制度在中国政治史上尚属首次。同时，政府垂直管理制度改革引发众多争议。深入研究政府垂直管理制度有利于理性认识政府垂直管理制度与政府间关系，并一定程度上有利于推进政府垂直管理制度与政府间关系改革。 拙文研究内容主要包括当代中国政府垂直管理制度起源、历史演变与现状、组织结构与关系网络、基本功能与运行机制、发展趋势、存在的问题以及治理对策等问题。拙文主要使用历史制度分析法展开研究，即主要通过综合使用历史研究法和制度研究法对政府垂直管理制度进行历史制度分析，重视一手文献使用。同时使用结构功能分析法、规范研究法等辅助研究。拙文试图从两个基本维度展开研究。第一，试图从纵向维度即历史-现实-未来维度把握政府垂直管理制度起源、历史、现状与发展趋势以及其规律性。第二，试图从横向维度即体制、结构、功能、机制与问题等的维度对政府垂直管理制度进行深入剖析，注重从这几者的关系中去展开研究。基于此，拙文除导论与结语外主体部分为四章。第1章研究历史演变与现实状况。第2章研究组织结构与关系网络。第3章研究主要功能与运行机制。第4章研究发展趋势与完善对策。 当代中国政府垂直管理制度在起源上主要受中共1949年前垂直管理实践、苏联、中国传统政治制度、中国特殊国情和时代环境、基本社会政治经济制度五大因素影响。苏联作用最大。1949年至2009年中国政府垂直管理制度历史演变过程可分为奠基、形成、弱化、强化、再弱化、恢复、调整完善、强化发展8个阶段。其中前6个阶段处于1949年至1978年范围。当代中国政府垂直管理制度历史演变的主要特征如下:第一，政府垂直管理制度变迁深受领导人政治思想与观点、基本经济制度、经济形势等因素影响。第二，政府垂直管理制度经历了比较长期的演化发展，其制度形态、改革方式呈现出阶段性特征，1978年是一条重要分界线。第三，实行垂直管理的政府部门从一开始的军事性半军事性机构、交通性机构、比较特殊的机构等扩大到宏观调控性和执法监督性等机构领域，范围不断扩大。第四，政府垂直管理制度在中国超大型治理空间、复杂的政府间关系中起着特殊的连接、调谐、平衡、遏制与整合等作用，而且此作用一向被历届政府所重视。同时，政府垂直管理制度改革受到政府间关系影响与制约。第五，除受政府间关系影响与制约外，政府垂直管理制度改革还受国家与社会关系、政府与企业关系等社会基本关系影响。 当代中国政府垂直管理制度有比较稳定的组织结构、比较复杂的关系网络和相对完善的运行机制。这一切构成其履行职能和发挥功能的基础。组织结构是其履行职能的基本载体，关系网络是其履行职能的外部环境，而运行机制是其履行职能的基本模式与过程。与双重管理机构相比，两者在此三方面存在异同点。其组织结构包括行政级别与机构性质、组织机构和人员组成三方面。其关系网络则包含其与上级对口部门关系、与地方政府关系、与地方人大关系、与地方党委关系、与其他垂直管理机构关系等内容。其运行机制包括决策机制、执行机制、监督机制和保障机制等。 当代政府垂直管理制度有延伸治理、代表、监督制约、遏制、保障、整合等主要功能。其中延伸治理和代表功能是基本功能，是其它功能的基础。遏制、监督制约、保障和整合功能由基本功能衍生，是其主要功能。正因为在国家治理、政府间关系处理中发挥上述重要功能，政府垂直管理制度才成为从古至今中国政府体系中不可或缺的制度组成。当代中国政府垂直管理制度的发展受中共中央对垂直管理制度的认知、中央与地方关系、基本制度、社会主义市场经济、专家与民众意见等方面因素影响。总体来看，中国政府垂直管理体制改革在一定时期内还会继续进行，不过会相对谨慎。 当代政府政府垂直管理制度存在的问题包括其自身问题和所引发问题，主要有监管难与腐败问题较突出、部门本位主义、地方化、影响地方政府运作、法律规范不足等。改革完善政府垂直管理制度，有利于政府间关系的调谐。完善政府垂直管理制度，首先应理性认识政府垂直管理制度。其次，应不断推动中央与地方政府关系合理化和法制化，调整国家与社会关系。再次，应克服垂直管理制度改革中的非科学性。又次，加强对政府垂直管理机构的监管，完善监督机制。最后，规范垂直管理机构与地方政府关系。总之，政府垂直管理制度改革必须放在政府间关系、国家与社会关系大背景下进行，才能找到真正出路。