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本课题将Pichia stipitis置于木质纤维素水解液中传代，研究在环境应激条件下与酵母性能变化相应的形态和蛋白的差异。木质纤维素水解液中主要的毒性成分为乙酸、糠醛、5-羟甲基糠醛等。传代后酵母在水解液中的发酵性能有明显提高。传代40代比第1代的菌株乙醇产量提高3.7倍，总糖转化率提高2.9倍，菌体存活率提高3.1倍。酵母的形态也发生明显的改变，传代后菌落色泽变白，边缘圆整。比较各种细胞破碎的方法，根据蛋白提取量和SDS-PAGE图谱选择最佳的破碎方法。在优化双向电泳分离条件的基础上，对环境应激下Pichia stipitis胞内蛋白的双向电泳图谱进行了分析，发现菌株经过传代后有多处明显的差异蛋白点。使用牛血清白蛋白确立了高效液相色谱与离子阱质谱联用条件和数据库检索参数，并在Pichia stipitis双向电泳图谱中鉴定出乙醇脱氢酶、烯醇化酶、磷酸甘油酸激酶、甘油-3-磷酸脱氢酶、丙酮酸脱氢酶等数种与糖酵解途径和环境应激相关的蛋白。