树鼩转录组及天然免疫NOD-like受体家族基因分析

来源 :中国科学院研究生院 中国科学院大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:josiefeiv
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由于独特的进化地位及解剖学、生理学特性,树鼩作为一种新兴的实验动物,已经被作为人类疾病动物模型被广泛应用于肿瘤学、免疫学、病毒学以及神经科学等诸多领域。作为一种成熟的实验动物,必须具有完整的遗传学背景以满足科学研究对其日益迫切需求。因此,清晰的遗传学背景对加速树鼩开发用于疾病动物模型研究有重要现实意义。随着测序技术日新月异的发展,RNA-seq作为新一代转录组测序技术已经被大家所熟知。本文就开展树鼩转录组的RNA-seq开展了一些研究工作,并且成功提取到树鼩的7个组织(肝脏、肾脏、胰脏、脑组织、心脏、睾丸和卵巢)的高质量RNA样本,并送交至华大基因研究院进行测序。并对所得的转录组数据库做了一些简要的分析。   天然免疫(innateimmunity)是多细胞动物最古老的防御外来微生物入侵的防线之一。作为模式识别受体(PRRs)的成员,NOD-like受体家族(NOD-likereceptors,NLRs)在天然免疫发生以及介导相关特异性免疫中起着至关重要的作用。NLRs中大多数成员的配体结合域类似于TLR,富含亮氨酸。由于NLRs成员与人类多种疾病相关,故极有可能成为构建人类疾病模型的代表实验动物树鼩的NLRs情况也就显得格外重要。本文在华大基因研究院测定的初步注释的树鼩转录组数据的基础上,进一步利用MEGA5、Neighbor-joining和MrBayes等软件,对NLRs基因家族以及他们在人、猕猴和小鼠生物体内的进化进行了分析和总结。然后根据得到的转录组数据中的序列信息,并结合其他物种的NLRs全长序列信息,扩增到了部分NLRs基因序列。这为注释树鼩基因组以及NLRs家族的研究积累了的经验,具有一定的理论意义和应用价值。
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