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水椰是红树植物中唯一的单子叶植物，也是棕榈科有重要系统学地位的单种属孑遗植物，已被列入我国珍稀濒危植物名录。本研究选取水椰作为研究对象，采用微卫星(simple squence repeat，简称SSR)和微卫星间隔(inter simple sequencerepeat，简称ISSR)两种分子标记方法，对分布于中国、越南和泰国的水椰种群进行遗传多样性及遗传结构研究，探讨生物地理事件对种群遗传变异水平及遗传分化的影响，为该濒危物种的保护及种群恢复提供参考。
本研究对水椰进行SSR引物开发，筛选出17对SSR引物，进而对来自中国、泰国和越南的6个水椰种群，共183个个体进行遗传多样性分析，结果表明：除了泰国种群外，其余水椰种群内部均未检测出多态性。在物种水平上，多态位点百分数(P)、期望杂合度(He)和香农多样性指数(I)分别为11.76％、0.0279和0.0470。用4对ISSR引物对6个水椰种群进行ISSR分析，在所有种群内部均未检测出多态性。在物种水平上，P=7.5％，He=0.0290，I=0.0433。本研究取样范围内水椰的遗传多样性水平极低，第四纪冰期事件、地理隔离、奠基者效应及繁殖方式等可能导致了该物种的遗传多样性贫乏。
SSR分析的水椰遗传分化系数(GST)为0.7353，基因流(Nm)为0.090；ISSR分析的水椰遗传分化系数(GST)为1，基因流(Nm)为0，表明水椰遗传分化极高，种群间基本上没有基因交流，这可能与水椰种群的地理隔离、遗传漂变、种子传播受限、繁殖体生存力较低等原因有关。
本研究对水椰的遗传多样性及遗传结构分析结果说明通过建立自然保护区对该濒危物种进行就地保护固然重要，而单纯通过人工育种增加种群个体数量可能无法提高种群的遗传多样性。此外，若从其它地区具更高水平遗传多样性的种群进行引种，还需考虑遗传污染带来的风险。